第349集到353集是自来也和佩恩六道决战的第一部分，377集到389集，是木叶村众人决战佩恩六道的第二部分。
1、自来也VS佩恩六道（349集到353集）
剧情简介：自来也使出仙人模式，召来两位蛤蟆仙人（深作及志麻大人）相助，成功打败了三个佩恩，结果由于大意以及不了解佩恩六道的相关情报，所以不幸被打败而牺牲。但临死前自己查出了佩恩六道及其本体的秘密（都是自己曾经遇到的忍者，六道均为尸体傀儡，受长门操控）。
自来也临死前回忆起跟波风水门及漩涡玖辛奈的对话，水门从自来也著作《毅力忍传》中为他们的儿子取名字曰鸣人。自来也又回忆起自己一生失败之事，并说出鸣人才是“预言之子”（后经大蛤蟆仙人亲自证实，长门和鸣人都是预言之子），因鸣人也正有那种绝不轻易放弃的毅力。
在千钧一发之际，自来也把关于佩恩的情报用指刻封印写在深作仙人的背上叫其带回木叶村。佩恩五道也向自来也进行反扑，最后被佩恩五道打入水底，而蛤蟆仙人深作则成功逃回木叶。
2、木叶村众人VS佩恩六道（377集到389集）
剧情简介：佩恩和小南一起袭击木叶捕捉九尾人柱力——漩涡鸣人。修罗道、畜生道、饿鬼道分为诱敌组；天道、人间道、地狱道和小南为探索组，开始了袭击。期间与卡卡西交战，并杀死了卡卡西，在用人间道得知了鸣人在妙木山后；
控制天道来到木叶上空，然后用畜生道将修罗道、人间道、饿鬼道、地狱道还有小南通灵到木叶村外，不惜以缩短寿命的代价，执意使用神罗天征将整个木叶隐村摧毁！之后佩恩六道与从妙木山赶回来的漩涡鸣人交战。
佩恩六道被漩涡鸣人逐个击败后，鸣人在小南用纸制作的一棵大树里找到了佩恩的本体——长门，两位预言之子终于相遇。
扩展资料：
第二战后续——
鸣人想要知道长门的过去，并想从长门的经历找出和平的答案。长门将父母之死及挚友弥彦之死一生两大痛楚向鸣人讲述后，鸣人拿出了自来也写的第一本书《毅力忍传》。毅力忍传的写作灵感来源于自来也的一个弟子，这个弟子正是长门。
鸣人与长门一番对话后，长门被其永不放弃的意志所打动，决心将促成和平的愿望交付鸣人。长门使用了禁术—外道‧轮回天生之术令木叶所有死亡者复活（包括卡卡西），却牺牲了自己的性命。
而小南把长门及弥彦的遗体带走，同样把希望托付给鸣人。鸣人决意继承师父（自来也）及师兄（长门）的遗愿。
佩恩袭击木叶篇剧情：佩恩六道突然对木叶忍者村发动攻击，并几乎将村子毁灭了，连卡卡西也在和天道的交战中牺牲。学成仙术的鸣人回到村子，接连打败了六道中的五人，在与天道交战中由于目睹雏田为保护自己而重伤，导致体内的九尾暴走，此时鸣人的父亲第四代火影突然出现在鸣人的精神世界中，阻止了九尾。鸣人由于父亲的帮助而重新回到战场，打倒了佩恩天道。鸣人找到了佩恩们的本体长门所在的位置，说服长门重新找回昔日的理想，长门施展轮回天生之术让包括卡卡西在内的已经牺牲的木叶村人们复活，自己也因此而死去。鸣人由于保护了村子而成为英雄，得到村人们的景仰。
火影忍者 自来也打佩恩六道 第347-352集
火影忍者 鸣人打佩恩六道 第383集
具体怎么死先是被佩恩中一员打断左臂~然后被一种神秘的武器刺中~~但还是杀了佩恩中一员~最后剩下5人各用神秘武器刺中自来也~~然后自来也掉进水中被佩恩用忍术杀了~~