基本区别：
南京博物院：
是中国第二大博物馆，中国三大博物馆之一，中国最早创建的博物馆。是一座大型综合性的省级历史与艺术类博物馆，全国综合性历史艺术博物馆，全国重点博物馆。
前身是1933年蔡元培等倡建的国立中央博物院筹备处，1950年更名为南京博物院，位于南京城东中山门内中山东路321号，占地约13万平方米。
南京市博物馆：
是一座综合性历史艺术类博物馆，是江苏省、南京市爱国主义教育基地。
馆址朝天宫，是江南地区最大的官式古建筑群，是全国重点文物保护单位之一。
馆前身为建国初期成立的南京市文物保管委员会，1978年南京市博物馆正式挂牌。
扩展资料：
主要藏品：
南京博物院现拥有各类藏品43万余件（套），上至旧石器时代，下迄当代，既有全国性的，又有江苏地域性的。
既有宫廷传世品，又有考古发掘品，还有一部分来源于社会征集及捐赠，均为历朝历代的珍品佳作，可以说是一座巨大的中华民族文化艺术宝库。
青铜、玉石、陶瓷、金银器皿、竹木牙角、漆器、丝织刺绣、书画、印玺、碑刻造像等文物品类一应俱有，每一品种又自成历史系列，成为数千年中华文明历史发展最为直接的见证。
其中，新石器时代“玉串饰”，战国“错金银重烙铜壶”、“郢爰”，西汉“金兽”，东汉“广陵王玺”、“错银铜牛灯”、“鎏金镶嵌神兽铜砚盒”，西晋“青瓷神兽尊”，南朝“竹林七贤与荣启期”模印砖画，明代“釉里红岁寒三友纹梅瓶”等为国宝级文物。
此外，“扬州八怪”、“吴门画派”、“金陵画派”、傅抱石、陈之佛等大家的书画藏品成组成系，别具特色。
南京博物馆有景色雅罗斯拉夫艺术博物馆馆藏油画与雕塑文物展、南京文化遗产保护成果展、鸡鸣春晓金陵展、陈大羽先生作品展、俄罗斯艺术精品。
陈列展览同名的《六朝风采》图录、建康都城遗迹探寻、多功能展厅是景区新建的一座现代化陈列展厅，轮换展出以油画、雕塑为艺术品。
艺术馆是一个以展示中国书法、绘画作品为主的专门展厅，展品轮换展出。
东厢房是一个临时展厅，不定期举办各种时政题材的展览。
南京博物院
中国最早创建的博物馆之一，是一座大型综合性的省级历史与艺术类博物馆，其前身是1933年蔡元培等倡建的国立中央博物院筹备处（也就是国民政府时期的中央博物院）。
1950年更名为“南京博物院”，位于南京城东中山门内中山东路321号，占地约13万平方米，是目前我国仅次于北京故宫博物院的第二大博物院，为全国重点文物保护单位。
南京博物馆
其正式名称应为“南京市博物馆”，其前身为解放初期成立的南京市文物保管委员会，1978年更名为“南京市博物馆”，是南京市级的一座综合性历史艺术类博物馆，位于朝天宫4号，是江南地区最大的古建筑群，为江苏省重点文物保护单位。
扩展资料：
南京博物院
南京博物院位于南京市玄武区中山东路321号，简称南院或南博，是中国三大博物馆之一，其前身是1933年蔡元培等倡建的国立中央博物院，是中国创建最早的博物馆、中国第一座由国家投资兴建的大型综合类博物馆。
南京博物院是大型综合性的国家级博物馆、国家综合性历史艺术博物馆，现为国家一级博物馆、首批中央地方共建国家级博物馆、国家AAAA级旅游景区和全国重点文物保护单位。
南京博物院占地13万余平方米，为“一院六馆”格局，即历史馆、特展馆、数字馆、艺术馆、非遗馆、民国馆。另全院设“六所”的研究部门，即考古研究所、文物保护研究所、古代建筑研究所、陈列艺术研究所、非遗保护研究、古代艺术研究所，并设有中国博物馆中唯一的民族民俗学研究机构。
截至2010年，南京博物院拥有各类藏品42万余件（套），馆藏数量居中国前三，上至旧石器时代，下迄当代。
既有全国性的，又有地域性的；既有宫廷传世品，又有考古发掘品，还有一部分来源于社会征集及捐赠，均为历朝历代的珍品佳作和备受国内外学术界瞩目的珍品。青铜、玉石、陶瓷、金银器皿、竹木牙角、漆器、丝织刺绣、书画、印玺、碑刻造像等所有文物品类一应俱有，每一品种又自成历史系列。
南京市博物馆
南京市博物馆位于南京市秦淮区，是一座综合性历史艺术类博物馆，是南京市市立博物馆，国家重点博物馆之一，是江苏省、南京市爱国主义教育基地。她的前身是建国初期成立的南京市文物保管委员会，1978年南京市博物馆正式挂牌。
南京市博物馆担负着南京地区的地下遗址和古墓葬的考古发掘调查，文物的保护、藏品的征集与保管，以丰富的文物、文献资料及研究成果为基础，展示南京在中国各个历史发展阶段的发展的轨迹，重点展示南京古都历史文化的成就。
南京市博物馆所处的朝天宫是江南地区建筑等级最高，面积最大，保存最完整的古建筑群。朝天宫之名，系明洪武十七年（1385）太祖朱元璋下诏亲赐，取"朝拜上天"之意。现存建筑为清同治五年（1866）重建，占地面积约四万平方米。
参考资料：百度百科-南京博物院百度百科-南京博物馆
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