据《汉书》和《水经注》记载，秦始皇陵于公元前206年被项羽凿毁。北魏郦道元在其《水经注》中说，项羽人咸阳之后，以30万人运了30天还没有把东西运完。以后，关东盗贼又将铜棺窃去。 后又有牧羊人因寻找遗失的羊，持火把迸人墓穴，不慎失火，将陵墓彻底烧毁， 说大火延续烧了90天都没灭。据说，方圆数十里的陵区地面，也随着一些陪葬坑和陪葬墓的坍塌而下陷了好几米。这样使秦始皇陵的地面建筑荡然无存，地下埋藏也受到一定程度的破坏。这些记载都被当今考古发现所佐证。秦始皇陵发现的陪葬坑、陪葬墓几乎都遇到过被盗和火焚的破坏。
经过四年楚汉战争，刘邦打败了项羽，建立了西汉王朝。为了笼络人心，公元前195年，刘邦下令对秦始皇陵妥为保护，安排20户人家住在秦始皇陵附近，作为守陵人看管秦始皇陵。此后，各朝各代的统治者对秦代帝王陵墓，也都下令保护。宋太祖开宝三年（公元970年），曾令临潼县保护和修整秦始皇陵。清朝的陕西巡抚毕沅，还曾为秦始皇陵立碑。
但是秦始皇陵埋藏丰富，必然会引起各种人物的觊觎。据记载，东汉末年赤眉起义军、魏晋后赵时期统治者石勒和石季龙、唐朝末年黄巢起义军等都盗掘过始皇陵墓地下宫殿可能没有被盗已出土的两乘铜车马位于秦始皇陵封土下面地宫西墓道的耳室里。有史料记载秦始皇陵地宫普遭火焚和洗劫，如果真是这样，那墓道旁的随葬品应该首先遭到破坏。
钻探资料表明，秦始皇陵地宫四周均有4米厚的宫墙，宫墙还用砖包砌起来，并且找到了若干个通往地宫的甬道，发现甬道中的五花土并没有人为扰动破坏的迹象。只发现两个直径1米，深度不到9米的盗洞，但这两个盗洞均远离地宫，尚未进入秦始皇陵地宫之内。此外，秦始皇陵地宫中存在大量水银的事实，更是其未遭到盗掘的有力证据。因为地宫一旦被盗，水银就会顺盗洞挥发掉。由上述理由可以推断，秦始皇陵地宫可能没有被盗。随着最新科技手段的运用，地宫是否被盗掘和焚毁的真相将会大白于天下。
根据封土层未被掘动、地宫宫墙无破坏痕迹以及地宫中水银有规律分布等情况，可以得出地宫基本完好、末遭严重破坏和盗掘的结论。班固、郦道元所说的项羽掘墓、地宫失火之说是不可靠的。据估计，当年项羽盗毁的可能是陵园的附属建筑。如确实如此，始皇陵又将是一座举世无双的地下宫殿，对秦始皇尸体能起防腐作用，所以，发掘之时人们很可能还能一睹显赫一世皇帝的真面目呢！
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