一、系统岩溶含水层整体保护措施
1）开发利用泉域水资源，须优先满足城乡居民生活用水，统筹兼顾农业、工业用水和其他用水需要，兼顾地区之间的利益，保护岩溶水系统生态环境，发挥水资源的综合效益，不得损害公共利益和他人的合法权益。由水行政主管部门会同有关部门进行调查评价，制定岩溶水系统水资源开发利用规划，报同级人民政府批准，并报上一级水行政主管部门备案。经批准的规划是开发利用泉域水资源的基本依据。
2）系统内岩溶地下水取水实行总量控制。统筹泉水流量与系统内不同地区岩溶地下水开采量，不得超过规划确定的可开采总量，并应符合井点总体布局和取水层位的要求。
3）在岩溶水系统范围内开采岩溶地下水（包括岩溶泉水）或与岩溶水主排泄区密切相关的其他类型地下水，须依据国务院发布的《取水许可制度实施办法》和有关规定，办理取水许可审批手续。用水单位不得擅自变更由水资源管理部门审批的取水用途。
4）在岩溶水系统范围内新建、改建、扩建工程项目，建设单位须持有环境保护行政主管部门和主管该泉的水行政主管部门批准的对泉域水环境影响的评价报告，计划部门方可立项。
5）对任何单位从事生产经营活动，造成岩溶水系统水资源（包括地表水）污染的，必须采取有效措施，限期治理。
6）加强系统内岩溶地下水质量动态检测，合理布置岩溶地下水质、量检测网，对日取水量1万m3以上的建设项目，须建立水源水位、水量、水质监测设施。
7）根据泉域水资源变化情况和开采利用状况，经县级以上人民政府批准，水行政主管部门可对岩溶水系统内取水许可证持有人的取水量予以核减或限制，并可采取井网合作、封闭停用等措施。
8）加强岩溶水系统范围内生态建设，特别在系统岩溶地下水补给区开展植树造林，涵养水源，减少水土流失，改善岩溶地下水补给条件。
9）通过论证，可在有利的地段采取工程措施增加地下水入渗补给量。
10）不得将煤系地层层间岩溶地下水、裂隙地下水与寒武系、奥陶系岩溶地下水进行混合开采；对止水效果失效的岩溶水井，使用单位要进行止水处理，无法处理并对岩溶地下水造成污染的井要采取填埋处理措施。
11）采矿排水应按技术规程进行，水行政主管部门有权进行监督检查。
12）不得在非带压矿区利用坑下裂隙和打孔向下伏岩溶含水层排矿坑水。
13）凡涉及岩溶水系统内岩溶地下水带压区的矿产资源开采的矿井，要严格开展岩溶水文地质条件论证，对采矿对岩溶水资源的影响问题要有明确的结论意见，建议要经地市级以上水资源行政管理部门审批后方可开采。
二、泉源保护区
泉源重点保护区是指对泉水出露区的保护，在泉源区开展相关活动对岩溶地下水的质与量影响都是直接的，需要严格开展水质、水量、自然景观、卫生环境方面的全方位保护。在泉源保护区内，禁止下列行为：
1）擅自打井、挖泉、截流、引水。
2）将已污染含水层与未污染含水层的地下水混合开采。
3）在泉水出露带进行开矿、开山采石和兴建地下工程。
4）新建、改建、扩建与供水设施和保护水源无关的建设项目。
5）倾倒、排放工业废渣和城市生活垃圾、污水及其他废弃物。
此外，要加强保护泉源区的自然、历史建筑景观。违犯上述规定的行为，应依法限期整改和处治。
三、水量保护区
1.水量一级保护区
水量一级保护区主要是对泉水流量影响敏感的地区，在一年内开采量对泉水流量的削减在80%以上的地区，其主要保护措施有：
1）除在没有其他水源解决，仅用于人畜生活饮用及少量特殊用途的情况外，不得新增岩溶地下水及与岩溶地下水密切相关的松散层孔隙地下水开采井和开采量。
2）对已有取水水源，在有其他替代水源的地区要逐步压缩岩溶水开采量。
3）禁止在水量一级保护区内的区域岩溶地下水位以下进行下组煤层开采。
2.水量二级保护区
水量二级保护区指泉域内1～5年开采量对泉水流量削减达到80%以上的地区。二级水量保护区的主要保护措施是：
1）控制岩溶地下水开采。
2）合理开发孔隙裂隙地下水。
3）严格控制兴建耗水量大的建设项目。
4）涉及打井与增加开采量行为，建议由地市级以上人民政府水行政主管部门进行审批。
在水量一、二级保护区内，违犯上述规定的行为，应依法限期整改和处治。
四、水质保护区
1.水质一级保护区
水质重点保护区的主要保护措施为：
1）凡是在进入水质一级保护区前要对各种污染水体进行处理。要求处理后的水质达到国家规定的Ⅲ类地表水标准。
2）禁止在区内新建、扩建向水体排放污染物的建设项目和新增排污口。对已有企业必须要根据地表水纳污能力削减污染物排放量。
3）禁止在区内排放超过国家规定的或者地方规定的污染物排放标准的污染物。
4）人工回灌补给岩溶地下水的水质，应当符合生活饮用水水源的水质标准，并须经县级以上地方人民政府卫生行政主管部门批准。
5）执行对应区内与地表水体污染防治相关的法律、法规。
2.水质二级保护区
除饮用水水源准保护区内禁止的行为外，还禁止下列行为：
1）设置排污口。
2）新建、改建、扩建排放污染物的建设项目。
3）储存、堆放可能造成水体污染的固体废弃物和其他污染物。
在水质二级保护保护区内从事网箱养殖、旅游和使用化肥、农药等活动的，应当按照规定采取措施，防止污染岩溶含水层。
在水质一、二级保护区内，已建成的排放污染物的建设项目，由县级以上人民政府依法责令限期拆除或者关闭。