东南大学更好。
一、学科实力对比
从学科实力上看，整体上相差不大，但是它们各有侧重，各有优势：
武汉大学的马克思主义理论、地球物理学、测绘科学与技术、图书情报与档案管理等4个学科在第四轮学科评估中结果为A+，所以相对理科、文史更强些。
东南大学的建筑学、土木工程、交通运输工程、生物医学工程、艺术学理论等五个学科在第四轮学科评估中结果为A+，所以它的工科实力更强大一些。
二、师资力量对比
武汉大学两院院士18位、外籍院士3位，“百千万人才工程”入选者23位，国家杰出青年科学基金获得者56位，“长江学者奖励计划”特聘教授62位、“长江学者奖励计划”讲座教授。
东南大学两院院士12人，外籍院士1人，“百千万人才工程”国家级人选24人，国家杰出青年科学基金获得者43人，“长江学者奖励计划”教授47人。
从各类人类的数量上看，院士数（包括外籍）等东南大学基本上都是比武汉大学要弱一点。
三、2018年录取分数对比
从以上这11个省份的录取分数来看，2018年武汉大学的录取分数要比东南大学高出10分左右，看来在考生心目中，还是武汉大学的樱花更漂亮一些了。
四、2018年本科就业质量对比
从毕业人数上看，东南大学规模是要比武汉大学小多了，武汉大学总体共有13195人，而东南大学则只有7943人，几乎只有武汉大学的一半。
深造率上武汉大学也是超过东南大学，不管是国内升学还是出境留学，各方面数据都是超过了东南大学。
参考资料来源：
一、武汉大学与东南大学比，是武汉大学稍好。
二、武汉大学，是教育部直属的副部级全国重点大学，国家首批“985工程”、“211工程”、“2011计划”重点建设高校，同时是“111计划”、“珠峰计划”、“海外高层次人才引进计划”、“卓越工程师教育培养计划”、“卓越法律人才教育培养计划”和“卓越医生教育培养计划”等重点建设的中国顶尖名牌大学。
三、东南大学，是教育部直属的副部级全国重点大学，著名的建筑老八校及原四大工学院之一，国家“211工程”、“985工程”首批重点建设的大学，是“卓越工程师教育培养计划”、“卓越医生教育培养计划”、“2011计划”、“111计划”入选高校。
所以二校所侧重的学科是不同的。如果说名气和分数，那么武汉大学是要高于中南大学的，武大是中坚九校之一，它的分数要比中南高许多。
而且名气这个东西虽然看不见，但是在知名度以及历史底蕴上中南大学是比不过百年武大的。
在2000年的时候中南工业大学和湖南医科大学等校合并组建为中南大学。
我们再来看学科评估的情况，武汉大学在第四轮学科评估中获评A类学科19个，A+4个；马克思，地球物理学，图书情报，测绘科学。
中南大学12个A类学科，3个A+学科，矿业工程，冶金工程，护理学。
二校的侧重学科不同，所以单一学科不好比较，只能通过学科总数来判断。不过A类学科和A+学科，武汉大学都占据着很大优势。
综合来说武汉大学要好于中南大学，是华中地区第一名校。中南大学在湖南是第一名校（不包括国防科大），在华中地区要逊色于武大和华科。
你的问题太笼统，一般来说，学工科去东南，学理文进武汉大学。
另外武汉大学和东南大学都是985高校，名校，本身并不存在档次上的差别，不要被误导。