岩藻糖苷酶在临床诊断中具有显著的实用价值。在肝癌的检测中，原发性肝癌患者血清中的AFU活性明显高于正常和转移性肝癌，诊断敏感性和特异性较高。AFU的临界值为740nmol/(ml．h)，对小肝癌的检测尤其有价值，其血清AFU阳性率高于AFP。对于AFP阴性和小细胞肝癌，AFU的诊断作用更为显著。
在妊娠和卵巢肿瘤的监测中，AFU的变化规律也很明显。随着妊娠周数增加，AFU在血浆中逐渐上升，分娩后迅速下降。而在卵巢癌患者中，AFU活性降低，且与疾病进展和肿瘤特性无关，这可能与遗传因素有关，为卵巢癌的早期识别提供了线索。
此外，岩藻糖苷酶在其他疾病中也有其独特表现。岩藻糖苷酶贮积症患者由于体内AFU异常，可能导致糖蛋白或糖脂代谢问题。胃癌患者的血清AFU升高，而急性胰腺炎时则可能下降，这表明AFU在不同疾病状态下的生物学标志意义。在进行性锥体营养不良等疾病中，血清AFU活性会下降。
α-L-岩藻糖苷酶（AFU）是一种溶酶体酸性水解酶，1980年法国学者Deugnier等研究发现，AFU在诊断肝细胞癌中敏感性好，阳性率高，是AFP阳性率的三倍以上，对AFP阴性病例及小细胞肝癌的诊断价值极大，是早期原发性肝癌诊断的有用指标。并被众多研究所证实。