全椒中学的历史可以追溯到1902年，薛葆琏、邱景章、叶尧阶等人士在得到批准后，筹集资金三千元，将“襄水书院”改名为“县立中学堂”，成为安徽省最早的六所现代中学之一。初始阶段，学校设有两班，共计60名学生，还附设了高等小学堂。1904年，由于规定限制，学校更名为“官立高等小学堂”，但实际上仍教授中学课程，1912年再次改名为“全椒县立中学校”，邱景章，一位进士，担任校长。
1925年，由于军阀混战，学校被迫暂时停办。1927年，学校恢复并改名为“全椒县立初级中学校”，1928年，增设了女子部。然而，1937年至1945年间，学校因日寇入侵，经历了艰难的迁徙和办学。1945年9月，学校回归原址并扩大规模，1947年增设高中部，正式更名为“全椒县立中学校”，教育质量逐步提升。
1958年，根据省政府指示，学校扩大班级并增加学生，改称为“安徽省全椒中学”。1963年，著名历史学家、文学家郭沫若为学校题写了校名，标志着学校的名称沿用至今。随着新中国的建设与发展，全椒中学持续发展，1978年被确立为地区重点中学，教育硬件和软件建设逐步加强，教育教学成果显著。1999年，学校被评为安徽省首批示范性高级中学，步入全面发展新阶段。
安徽全椒中学的前身是明万历年间的“望阳书院”，清乾隆中期更名为“襄水书院”。1902年始创为现代意义的中学，是全省创办最早的中学之一。1958年定名为“安徽全椒中学”。1961年郭沫若为学校题写校名。1978年，学校确定为地区重点中学。1999年12月通过安徽省教育厅评审，被命名为安徽省首批示范性高级中学。学校占地444亩，总建筑面积132900平方米。