丽江市工商行政管理局内设机构职责分布在不同楼层，以提供高效服务。以下是各个科室的主要职能：
办公室: 位于办公楼3楼，负责协助局领导处理日常事务，包括文件起草、文书档案管理、安全保密、信访、机要管理以及会议组织。还负责综合性调研和宣传计划的制定与实施，以及工商系统的计算机网络建设和综合统计工作。
人事教育科: 在办公楼4楼，负责人事管理、干部调配、工资福利等工作，并协助局党组对县局和分局领导班子进行管理。还指导体制改革、组织建设、队伍建设和教育培训，以及专业技术职务评聘和表彰奖励。
计划财务科: 在办公楼2楼，负责全局的财务管理，监督行政收入和罚没收缴，管理票据，审核财务计划，以及物资装备和固定资产管理工作。
法制科: 位于4楼，负责法律法规拟定、发布、宣传培训，法制监督和行政执法，参与复议、应诉和赔偿工作。
企业个体私营注册登记管理科: 位于1楼登记注册大厅，负责企业与个体工商户的注册管理，颁发相关证照，并进行监督和指导。
公平交易科: 主要职责包括制止垄断、不正当竞争，查处经济违法案件，保护消费者权益，监督流通领域商品质量等。
市场监督管理科: 规范市场秩序，监督管理各类市场经营，查处合同欺诈，管理经纪人和中介服务机构，以及网络经营行为。
商标广告监督管理科: 负责商标、广告的管理，查处侵权行为，审批和登记广告经营单位。
纪检监察室: 负责党的纪律检查和行政监察，推进党风廉政建设和行风建设，监督干部选用，查处违纪违法行为。
机关服务中心: 提供后勤保障，负责公房管理和环境卫生，以及接待和服务工作。
个私协办公室: 对个体劳动者和私营企业进行教育指导，维护会员权益，提供法律咨询，协助发展生产和党建工作。
消委办公室: 提供消费信息和咨询，参与商品质量监督，受理消费者投诉，维护消费者合法权益。
12315消费者申诉举报指挥中心: 负责消费者权益保护和流通领域产品质量监管，组织查处消费者申诉举报案件。