桑桑是一个小男孩，他喜欢做出一些夸张的事．而六年的小学生活却让他没齿难忘．在这六年中，他经历了无数感人的故事：这些男女无瑕的真情，同学间天真的友情……他从这些故事中，明白了：善良，尊严，顽强……这一切的一切在他的心田里埋下了“爱”的种子．草房子，就是本片的故事舞台，主要剧情都是发生在里面的。草房子其实是一所小学——油麻地小学——一片充满童真的乐土。小学依山傍水，风和日丽，景致如画。草房子虽小，房子里的故事却千丝万缕。影片是通过桑桑（桑校长之子）眼中的所见所闻（表现为回忆）来叙述的。故事始于来历有点神秘的纸月（据说是似生女，自小无父母），从几十里路外的板仓转学到油麻地小学，而桑桑对她充满好感。
在这里，蒋老师临湖吹笛，暮色如歌，笛声悠扬；桑桑充当着老师的爱情传递员,也目睹了蒋老师与白娟姐姐一对爱侣因女方父亲嫌弃男方身世卑微，而导致有情人不能成眷属的爱情故事；新娘的花轿前面，桑桑又气又伤心，把大把喜糖掷向泥土；在这里，又高又瘦并且光头的陆鹤（外号‘秃鹤’）受到同学们的嘲弄，被迫带上帽子，破坏了桑桑夏日棉袄舞，吸引了所有注意力；桑桑为报复秃鹤的抢风头，而将他的帽子挂在风车上，最后帽子不见了；
在这里，全区的会操表演，陆鹤故意不和节奏的表演，令会操洋相百出，让学校掉了连续两年的第一，自己也出了一口恶气；后来陆鹤因临危上阵，成功饰演话剧里的大奸角，赢得了自尊和名誉，躲在这里的角落幸福地哭泣；在这里，桑桑艳羡杜小康的自行车，争强好胜的孩童性格，使桑桑时常与杜小康过不去，甚至当着乡亲们面前，和杜小康争演话剧的主角，闹出了笑话。而当杜小康家道衰落，上不起学，桑桑才发现杜小康是自己最好的朋友。杜小康的鸭子下蛋了，但鸭子却吃了别人的鱼苗，父亲因此心力交瘁而逝，杜小康重返油麻地小学的希望彻底破灭了。为了帮他，桑桑不惜冒着挨揍的危险，把父亲视如命根的记事本（组织上对他的的奖品）偷来，为杜小康抄写教材。其感情真挚感人！
在这里，众人议论纷纷，怀疑纸月是桑校长的私生女；所有人在怀疑，包括桑校长的夫人，唯独桑桑不信，因为他觉得他们长得不像。桑桑比纸月小，也比她矮，却处处维护纸月，护送纸月回家发现几个大男孩企图欺负纸月时，与他们拼个头破血流也不服输，从桥上到河流中行船的凌空一跳，把一切都征服了！纸月的外婆死了，休假了；桑桑也得了怪病，生命悬于一线；桑校长憔悴了，消瘦了，背负独子四处求医，总是无功而返。于是，草房子静了，欢声笑语似乎不见了。冥冥中仿佛有天意，求医四处无门，茫无头绪之际却偶然碰见野外老神医；神医的一纸妙方，奇迹般治好了桑桑的病。而这时，桑桑看见纸月被她爸爸接走了。她爸爸？桑校长不信，温老师也不信。眼花？是不是她爸爸？没人知道了。
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