个人建议：第一，看你的兴趣所在。学有兴趣的专业，人的潜力才能最大限度发挥，将来事业才能最大化发展，（另外个人认为女生选工作强度较低的专业为宜）；第二，看就业前景，你可以找老师和学长评估下两个具体专业的就业前景；第三，看两个院校专业在各自学科领域内的地位。有的211院校的某些专业比985的要好，有的985院校的某些专业还不如普通院校。你将来从事本专业工作，会发现你所毕业院校专业的业内评价和毕业院校的社会声誉都很重要。第四，看导师。选择导师主要考虑两个方面：其一，导师的学术声誉和社会资源。好的导师一句话，可能你的工作就解决了。其二，导师的人品和对学生的态度。遇到黑心老板，你就做三年包身工，遇到好的老板学习、经济补助都会有保障。多问问导师以前的学生和对他有了解的人。第五，看学校所在地。北京、上海是首选，学术、社会资源大多集中在这里，而且在一线城市生活学习对你开阔眼界也有好处。
另外，如果有读博的打算，最好选985院校，因为理论上将来的就业机会多一些，而且非985院校或中科院的博士容易受人轻视。
追问貌似都不怎么强！两个学校基本上都是在当地的地位还可以的那种，现在还没有读博的打算，但也不排斥，本校的这个导师是个硕导，985那个老师是博导，本校的这个老师比较熟悉，跟着他两年了，那个老师的情况还不是很了解。真是有些纠结~~~一直做的也挺交叉的，那个导师做得东西这边也做~~