病毒不是把文件夹变成exe的了，而是把文件夹隐藏以后，他生成了几个文件夹同名的.exe程序，应该先查下毒，然后在文件夹选项里设置显示所有文件和文件夹，如果设置不了那就是该选项被拦截了，还是有病毒。总之是要杀毒，而且你的文件夹其实都在，只是隐藏了。
解决移动硬盘中毒的方法：
（1）用右建打开移动硬盘就不会执行autorun脚本，显示“隐藏文件和文件夹”，显示“隐藏受保护的操作系统文件”，鼠标右键点击你的移动硬盘，选择“打开”。
（2）删除里面的“autorun”等隐藏文件（按Shift＋delete） 如果系统不能显示“隐藏受保护的操作系统文件”，那你可以用 用WinRAR查看你电脑中的各个盘符，当然包括移动硬盘了，这样的话，里面所有的文件就会显现出来，把其中不认识的文件删掉就行了。
移动硬盘防止中毒的方法：把硬盘格式化为NTFS格式，再把everyone的权限设置为只读，只给一个特定的超级管理员开放完全的权限。