重庆医科大学基础医学院原名重庆医学院基础医学部（校本部）是伴随学校的组建于1956年成立。由上海第一医学院（现复旦大学上海医学院）基础医学部抽调一半（约100多名）基础医学师资组成的重庆医科大学基础部的教师队伍，他们中不少是国内外知名的医学教育家和学科带头人，尽管这批老专家大都不在现有岗位上，但他们为该校的基础医学教育与学科建设奠定了坚实的基础，建立了不可磨灭的功勋。1996年基础医学部更名为基础医学院。历经近50年的建设与发展，基础医学院已成为学校最大的教学单位和校本部最大的科研单位，在整个学校的工作中占有举足轻重的作用。
学院现有物理学、数学、细胞生物学与遗传学、人体解剖学、生理学、病原生物学、组织学与胚胎学、病理解剖学、病理生理学、免疫学、法医学、放射医学、生物化学与分子生物学、电子显微镜、计算机共15个教研室和机能实验中心。医学物理学、生物化学、机能学、普通生物学、人体解剖学、微生物与免疫学、组织学与胚胎学、病理解剖学教学实验室被评为重庆市教委合格实验室。通过中央与地方经费的投入，近年已建设成立显微互动形态学实验室，生物化学与分子生物学实验室，其实验室条件已达国内先进水平。学院现有市级重点课程三门，即病理解剖学、组织胚胎学、病原生物学，其中病理解剖学和组织胚胎学被评为市级精品课程，病理生物学被评为学校精品课程。学院承担着临床医学、儿科医学、医学检验、公共卫生、护理、药学、口腔、麻醉、影像等30余个专业的博、硕士生、留学生、七年制与五年制本科、成教、高职等公共基础与医学基础教学任务，开设理论课程80余门，实验课程300余门。教学工作量占全校教学计划的近50%，年均教学工作量约5万学时。
学院以教学为中心工作，以本科教育为主体，旨在为培养和造就知识结构合理，理论基础扎实，实践动手能力强，创新意识突出，能适应新世纪要求的高素质医学人才奠定基础。在当今医学人才培养的国内外形势下，学院以转变教学观念，更新教学思想为先导，以保证和提高教学质量为生命线；以学科与课程建设为龙头，不断带动基础医学课程体系及内部改革为主题；以引入现代化教育技术，改革教学方法为手段，以建立较完善的医学基础教学组织和管理机制为保障来提升基础医学教学水平。近年来已立项的省级和校级教改课题20余项，获省级人民政府教学改革一等奖等多项教学成果奖，发表改革论文200余篇，有20余位本科生获全国大学生挑战杯金银奖和全国大学生数学建模比赛一、二等奖。
学院现有基础医学病原生物学博士点、生物医学工程组织与细胞工程、生物信息学博士点、基础医学一级学科硕士点、生物化学与分子生物学、生理学、细胞生物学与遗传化学、生物医学信息技术、组织工程与细胞工程5个二级学科硕士点。现有博士导师29人，硕士导师60人，年均招收博、硕士生100余名。学院有生物化学与分子药理学市级重点实验室；有人体解剖学、法医学、病理学和生物医学工程4个省级重点学科；有基础医学研究所，应用解剖学研究室，肿瘤病理生理研究室、免疫学研究室等7个校属研究机构。学院以学科建设为龙头，积极围绕生命科学前沿，组织多学科配合攻关，调动科技人员的积极性，实现了基础医学博士点零的突破，国家自然科学基金申报数和获资助数实现历史性突破，获得了一批高水平的科研成果和专利。近5年来获国家自然科学基金课题、国家教育部、国家卫生部、国家新药基金课题40余项，年均发表论著150余篇，80%论著被SCI或CSCD收录，有20项课题通过主管部门成果鉴定。
学院师资队伍力量雄厚，结构较为合理。现有教职工227人，其中教授29人，副教授41人，教职工有博、硕士学位人员占73.91%，学院有一批在国内有一定影响的学科带头人、全国优秀教师、重庆市优秀教师、重庆市名师、全国教育部首批骨干教师各1名，有重庆市首批学术技术带头人6人，重庆市“322”人才工程库专家1人，学术技术带头人后备人选2人，有重庆市高校骨干教师10余名，也有一大批中青年学术骨干正在茁壮成长。学院十分注重人才培养，通过加强对外学术交流，近年先后选取派20余名教师赴美国、法国、日本、加拿大、瑞典等进行学术交流，同时也邀请了一批外籍专家来院开展讲学与研讨，并正在与国外著名大学协商科研合作和研究生培养等事宜。
2007年随着学校缙云校区建设，学院将实现全校范围内的大基础整合，基础医学院本科教学将搬迁到新校区，学院将对课程体系建设、教学管理模式、教学资源合理运用实行改革，相信基础医学院的明天将更加美好。
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