生物医学工程较好的院校：
国立阳明大学、国立成功大学、中原大学.最老字号的是中原医工,在台湾很多医疗器械产业的推动都可以看到中原医工系的参与,校友很多也在相关产业、科技业就业.
国立阳明大学:位於台北市北投区,阳明前身为阳明医学院,专注在医学与生物科技专业,长久以来在医学领域一直排行第二位,也有一些医疗结合管理、工程的专业.在2010年上海交大的世界大学学术排名中,综合排名为世界446.阳明也是台湾联合大学系统的一份子.迈向顶尖大学计画(新一期五年五百亿)执行期间自2011年起至2015年止,每年获得5亿台币.
国立成功大学:主校区位於台南市东区,成大前身为日治时代的台湾总督府台南高等工业学校,现为台湾规模第二大的综合大学,专业包含文法商理工医,较为偏重在理工医,是南部第一学府,文法商为第四左右, 理工也可为台湾第四、医学为第三,综合来说是台湾第二.在2010年上海交大的世界大学学术排名中,综合排名为世界256,各领域世界排名为工程/技术与计算机科学(工科)39,学科排名则为计算机52-75.另外,成大与国立中山大学、国立中兴大学与国立中正大学共同组成台湾T4大学联盟(台湾综合大学系统),意思为台湾中南部最顶尖的四所大学.迈向顶尖大学计画(新一期五年五百亿)执行期间自2011年起至2015年止,每年获得16亿台币.
中原大学:位於桃园县中坜市,中原是台湾历史悠久的老牌私立大学,也是一所教会型大学,前身为中原理工学院.校园四周都是店家,形成中原夜市商圈,十分热闹.目前已发展成拥有文法商理工等专业的综合大学,其中工科自然最好,理科次之,与长庚、元智不同是有理科专业,文法商科稍弱,工学分数介於国立的东华与联大、宜大之间,商学分数则跟国立的联大、宜大,私立的东海差不多.建筑算是中原最好的专业之一,分数可与彰师、高师大的电资类专业相近.2013年奖励大学教学卓越计画获补助7500万台币
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