（一）住院起付线
设立四级起付线，乡级定点医疗机构为100元，县级定点医疗机构为300元，县（区）外定点医疗机构为600元，县（区）外非定点医疗机构为800元，起付线不得低于100元。起付线以下为个人自付部分。年内患同一种疾病多次住院只计算一次起付线，患同一种疾病连续转院治疗，只计算其中最高级别医院的一次起付线。
（二）住院补偿比例
同级医疗机构只设立一个补偿比。乡级定点医疗机构为60%，县级定点医疗机构为50%，县（区）外定点医疗机构为40%，县（区）外非定点医疗机构为30%。各县（区）可在此基础上对县级定点医疗机构和县外医院上下浮动5%。住院补偿比例，原则上乡级定点医疗机构高于县级定点医疗机构，县级定点医疗机构高于县外医疗机构，各级住院补偿比例差要控制在10%以内。在计算参合农民的实际补偿金额时，应用可报费用减去起付线金额后，再按规定的补偿比补偿。
（三）住院补偿封顶线
住院补偿封顶线为1.5万元，以年内实际获得补偿金额累计计算。
（四）实行住院最低补偿额
参合农民住院医疗费用达到起付线后，农民的最低补偿额不少于30元，参合农民1年内多次住院，只能享受1次最低补偿额待遇。
（五）其它
1、坚持农业人口以户为单位参加新农合，在规定的收费截止日期以后，不再接纳要求参合的农民。
2、各县（区）应将部分可以在门诊治疗的大病（慢性病）纳入统筹基金补偿的范围，病种的具体选择、补偿程序及补偿标准等参照我办《关于调整试点县新型农村合作医疗实施方案的指导意见》（赣合医办字〔2004〕8号）及《关于将门诊大病（慢性病）纳入新农合统筹基金补偿范围的补偿规定》执行。
3、参合农民在县（区）内定点医疗机构就医和就近到邻县定点医疗机构住院不须办理转院手续；此外，到县（区）外就医须到县农医局办理转院手续；急诊和在外地务工参合农民患病在当地住院治疗，需在7个工作日内通知县（区）农医局，否则不给予补偿。
4、参合农民在定点医疗机构住院分娩定额补偿150元，手术产、产科并发症和合并症按住院补偿标准执行。
5、在定点医疗机构使用中药和中医传统技术治疗疾病，补偿比例同等级医疗机构比西医治疗提高10%。
6、对参加了商业保险的参合农民，出院后既要商业保险赔付又要新农合补偿时，参合农民可将住院发票原件交商业保险公司履行赔付手续，农医局使用商业保险公司注明“与原件核对一致”并加盖公章的发票复印件和赔付清单原件对参合农民进行补偿。农医局应与县（区）各商业保险公司签订合作协议，建立良好的信息互通机制，定期将发票的复印件与原件核对，确保复印件的真实性。
7、参合农民急诊在门诊检查后随即住院，当日门诊检查和治疗费用可纳入统筹基金补偿范围，在住院期间因病情需要，到上级医院进行检查，其发生的检查费用按在检查医院级别对应的补偿比例计算，并列入补偿范围。
8、统筹基金不予支付和支付部分费用的诊疗项目，按《江西省新型农村合作医疗统筹基金不予支付和支付部分费用的诊疗项目与医疗服务设施范围》执行。
七、办理补偿应携带的材料
（一）参合农民住院后应携带新农合证、住院发票、出院小结、户口本、费用清单、转院证明及当地规定所需的其他资料到指定地点办理补偿手续。
（二）参合农民在本县境内定点医疗机构门诊就诊时，应携带新农合证，定点医疗机构直接减免门医药诊费用。
（三）患门诊大病（慢性病）的参合农民在规定时间内（一般在12月份），携带新农合证、户口本、农医局颁发的门诊大病（慢性病）证明、门诊病历、门诊发票及清单到指定地点办理补偿手续。
八、补偿程序
参合农民在县（区）级定点医疗机构住院治疗，出院后在新农合补偿窗口办理补偿手续，由定点医疗机构对其发生的医药费用进行审核，按实施方案规定标准垫付应补偿的金额。在乡（镇）定点医疗机构或在县（区）外医院住院治疗，住院费用在2000元以内，由参合农民户口所在地的农医所负责对其发生的医药费用进行审核，并按实施方案规定标准将应补偿的金额支付给农民，住院医药费用在2000元以上（含2000元）或对住院资料有疑问的由农医所报农医局审核，农医所按实施方案规定标准将应补助的金额在20个工作日内支付给农民。
九、补偿方案审批程序
各新农合县（区）的补偿方案，需报市合医办初审，再由市合医办统一报省合医办复审，最终由县（区）政府审定。方案一经确定，年度内一般不宜作新的调整，方案确需要调整的，应事先征得市、省合医办同意方可实施。
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