组织设计应遵循的基本原则包括目标唯一性原则、任务分配与协同合作原则、有效运作原则等。
目标唯一性原则：组织的设计最基本的原则是目标导向原则，也就是必须先明确目标，确立目标，然后紧紧围绕目标来创建组织，并设计组织机构。在组织设计过程中，要严格遵循目标唯一性原则，一个组织只能有一个目标，并为实现这个唯一的目标成立相应的组织。
任务分配与协同合作原则：目标确立后，就要根据目标进行系统性的规划和拆解，把目标拆分为若干个子目标，再根据子目标分解为若干个具体的任务，根据任务完成需要的资源、任务完成的进度和要求来对组织进行系统性的规划和设计，在这个过程中要严格遵循任务分配合理性原则及任务之间协调合作性原则。
有效运作原则：组织是为实现唯一的目标服务的，要使得目标能够按时、保质完成，就需要一个可靠且安全的组织机构，这个组织机构必须具备有能力执行各项指令，且能及时而精准第执行各项指令。因此在组织设计过程中，要特别考虑组织有效运作的原则。
组织设计的重点
组织的目标性：使组织内各部分于公司整体经营目标下能充分发挥能力而达成各自目标。
组织的成长性：考虑公司的业绩经营与持续成长。
组织的稳定性：随着公司成长而逐步调整组织是必要的，但经常的组织、权责、程序变更将使员工信心动摇。
组织的简单性：组织的简单将有助于内部协调与人力分配。
组织的弹性：保持基本形态，又能配合各种环境条件的变化。
组织的均衡性：各部门业务量的均衡，将有助于内部的平衡与分工。
指挥的统一性：一人同时接受二位以上主管管理，将使其产生无所适从的感觉。
权责明确化：权责或职责不清将使工作发生重复或遗漏、推诿现象，易使员工产生挫折感。
作业制度化：明确的制度与标准作业可减少摸索时间。
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