新版自然人税收管理系统零申报个人所得税需要进行以下步骤：
1. 登录自然人税收管理系统。
2. 进入“申报管理”模块，选择“个人所得税申报”。
3. 在申报页面中选择“零申报”选项。
4. 根据系统提示，核对申报信息并提交申报。
在进行零申报时，需要注意以下事项：首先，确保申报人的信息准确无误，包括身份证号码、姓名等。其次，如果申报人有多项收入来源，需要在系统中进行逐一申报，并确保每项收入的金额和税项都正确无误。最后，提交申报前务必核对所有信息，确保申报数据的准确性。
举个例子，如果某个自由职业者在一个月内没有收入，那么他需要在自然人税收管理系统中进行零申报。他需要按照上述步骤，登录系统并选择零申报选项，核对信息并提交申报。这样做能够确保他的个人所得税申报记录保持连续，避免因为漏报或错报而产生不必要的麻烦。
总之，新版自然人税收管理系统零申报个人所得税需要进行简单的操作，但在操作过程中需要注意核对信息和数据的准确性，以确保申报的有效性和合法性。