没有本质的区别， 一般企业的财务业务印章都是方的，而行政章一般都是圆园的，体现二者的不同。很多印章都分有公司内部使用及对外使用两种印章，财务专用章也这样区分。
正方形财务专用章是企业单位在银行办理业务时使用的印鉴章，如在银行开设对公账户、开支票、取款转账时都要用到正方形财务章。
方形财务章当印章（印鉴）使用，比如票据背书转让，开现金支票，一般都是方形章！财务部下发什么文件或者通知盖圆形章，其实就是部门章，你觉得理解难，可以大概这样理解：方形章一般是业务章，圆形章是部门章！其他部门都有个圆章，但是没有方形章。另外银行备案的财务专用章，有圆的，也有椭圆的，所以，只要是财务专用章，不管圆的、方的应该没什么区别。
圆形财务专用章与方形财务专用章只是在形状上有区别，有的地区习惯用方形的，有的地区则习惯圆形的，不过方形的章在票据上背书方便些，南方使用的较多。