《生化危机3》的时间线是在《生化危机2》之前，但与《生化危机2》的故事有一些重叠。
《生化危机2》的具体时间线是在1998年9月29日晚到30日早上，而《生化危机3》的时间线分为上下两部分：第一部分发生在1998年9月28日，即里昂和克莱尔来到浣熊市的前一天。在这一部分中，吉尔因受伤感染病毒；后半部分时间线是在1998年9月30日晚到10月1日早上。在这部分中，玩家扮演卡洛斯来寻找解药，帮助吉尔。这一部分剧情发生在里昂和克莱尔离开浣熊市的当天晚上，这一晚也是第四幸存者模式中的角色“死神”汉克从下水道逃离的时间线。《生化危机2》和《生化危机3》两个游戏的时间线是相互穿插的，主角们并没有直接遇到彼此。
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