1、经营范围不同：
旗舰店：一般来说，旗舰店只销售自己的品牌，只有一个品牌，没有其他不相关的品牌。
专卖店：特许经营店是品牌的特许经营，而不是公司本身的特许经营。耐克（Nike）和阿迪达斯（Adidas）等已授权给他的品牌已经获得了在线销售的许可。
专营店：可以经营自己的品牌和其他品牌，只做一种商品，比如鞋子，但是他们可以做多个品牌，比如特许经营鞋店，耐克鞋，阿迪达斯鞋，甚至是其他多个品牌，品牌的数量是没有限制的。
2、经营主体不一样：
旗舰店：拼多多旗舰店是一家民营品牌企业，也就是说，拼多多旗舰店经营的品牌必须为申请拼多多店的企业或企业的法定代表人所有。
专卖店：拼多多门店的经营人必须是品牌所有者或公司正式授权的企业法人。
专营店：拼多多门店必须由在中国大陆注册的法人单位经营。
3、品牌资质不一样：
旗舰店：旗舰店必须有国家商标局颁发的商标注册证或商标受理通知书，即注册商标。
专卖店：品牌专卖店需要两个东西，一个是商标注册证书颁发的国家商标总局颁发的品牌所有者（即上述注册商标的品牌旗舰店），另一种是正式的授权信提供的品牌所有者出具企业开店。如品牌所有者为个人，需提供身份证复印件并签署授权委托书。
专营店：经营其他品牌需提供完整的品牌所有者授权书和商标注册证；如果商家无法提供层层品牌授权书，也可以提供供应商出具的正式渠道证书和品牌所有人的商标注册证。
参考资料来源：百度百科——专营店
参考资料来源：百度百科——专卖店
参考资料来源：百度百科——旗舰店
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