蚌埠市交通运输局是一个负责城市交通管理和服务的重要部门，其机构设置分为多个层级。首先，局内设有五个直属的副县级事业单位，它们分别是：
蚌埠市公路管理局，下辖怀远分局、固镇分局、五河分局、路桥公司、监理公司、公路设计院等，致力于公路建设和管理。
蚌埠市地方海事局，负责水上安全监管，包括水上安全监督检查站、直属地方海事处以及分别位于怀远县、固镇县和五河县的地方海事处。
蚌埠市公路运输管理处，负责城市公交和出租车的管理，以及交通稽查工作，设有城市公交管理所和出租车管理所等。
蚌埠淮河公路桥管理处，专注于桥梁的管理和维护。
蚌埠市县乡公路管理局，关注县乡道路的建设和养护。
此外，还有一个直属的正科级事业单位——蚌埠市交通基本建设工程质量监督管理局，负责对交通项目的工程质量进行监督和检测。
在企业层面，蚌埠市交通运输局拥有四家直属企业，它们分别是：
蚌埠市交通投资集团有限责任公司，拥有20家参控股子公司，涉及交通投资和相关业务。
蚌埠市汽车运输集团有限公司，专注于汽车运输服务。
蚌埠市公共交通集团有限公司，致力于城市公共交通服务。
蚌埠城市通卡有限责任公司，负责城市公共交通卡的管理和运营。