1937年12月，南京沦陷前，国民政府就把都城迁往了武汉，后来在日军发动武汉会战前，又把都城迁往了重庆，并一直在那里指挥了中国的抗战，历史上因此叫重庆为陪都。
据历史记载，国民政府内部受到了苏联以及共产党的渗透，激起了国民党右派对于国民党左派不满。1927年革命军攻克上海与南京之后（往北推进），蒋介石在上海下达了“清党”计划，也就是“分共清党”，把“清除国民党内部的共产党和国民党左派势力”。在广州的清党活动中，军警将凡是穿西装或中山装乃至学生服的统统予以逮捕。并且此次行动不是利用“党力”进行政治性质的清党，而是利用“武力”开展的血洗武装打压，所以迫害了很多无辜的同志。“清党”之后，相继成立了南京国民政府，由由蒋介石等十二人为政府委员，胡汉民为政府主席。
北伐战争之后，抗日战争打响，国民政府于是迁都重庆，建立“重庆国民政府”，此后汪精卫在南京另外组建了一个南京国民政府，为“汪伪国民政府”。
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