可以参考以下方法:
1. Bootstrap检验
对于进化树评估一般会使用 Bootstrap 进行检验。
Bootstrap检验,自举法检验,也叫自展,自助法。其实就是放回式抽样统计法的一种,通过对
数据集多次重复取样,构建多个进化树,用来检查给定树的分枝可信度。
2. 重复取样值
那么重复取样的次数会在建树时设置,现在一般文章要求Bootstrap 取样值 >1000。
3. Bootstrap value
阈值虽然根据严格的统计学概念,自展值需要要大于95%才较为可信。
然而在实际应用中,我们一般认为结点的 Bootstrap value > 70,这个分支就是可靠的。特别是微生物等相似度比较大的分类中,一般大于50%就认为可信(小于50%不会显示)。
4. Bootstrap value 与分支
如果低 Bootstrap value 更靠近分支末端,代表相似度太高而很难区分
如果低 Bootstrap value 更靠近根,代表相似度太低。