太医院名称始于金代，在唐朝称太医署，属太常寺。太医令是这所“医学院”里最高领导，他掌握着学校的核心技术，并且有自己的助手——太医丞，太医令之下还设有医监和医正。
唐代太医署于武德七年（624）建立，它由行政、教学、医疗、药工四部分组成。这所“医学院”一共设立有行政长官16人，其中太医令二人，太医丞二人，太医监四人，太医正八人。
唐朝太医署在校师生多达300余人。由太医署令、丞等负责管理。分设医、针、按摩和咒禁等部门，医又分为体疗、疮肿、少小、耳目口齿、角法等科；学习课程在共同学完《脉诀》、《本草》、《明堂》、《素问》等基础后，即分科学习各自的专业；
学制分别为七年、五年、三年；考核分别由博士主持月考，太医署令、丞主持季考，太常丞主持年终总考，视其成绩的优劣，予以升、留、退。教师的职称分别为博士、助教、师、工等。
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太医署是我国也是世界医学史上最早的医学校。宋代改为太医局，仍为医疗与教学兼而有之。金、元、明、清则改为太医院，而且已成为纯属医疗保健的机构。太医署内设有医学和药学两个部。在医学部之下又设有医科、针科、按摩科、咒禁科四科。
唐代兴建的“太医署”，对后世医学教育产生了深远影响。后世的医学教育完全按照唐“太医署”模式而建。民间医学教育的普及有利于保护百姓的身体健康，扭转了劳动人民崇尚巫鬼的风气。由于推行地方医学教育的发展，曾迫使“巫祝”纷纷转行。
我国古代的师承相传和太医署这样的医学校两种医学教育，不仅有力地促进了我国医学发展，而且还流传到海外，曾有十多个国家派人来我国学医，使我国成为东方的医药学中心。
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