自1994年至1994年底，鲁能俱乐部在甲A联赛中取得了第五名的成绩。1995年，球员们的表现更为出色，不仅获得联赛第六名，还摘得了足协杯赛的冠军。
接下来的几年里，鲁能继续在联赛中稳定发挥，1996年和1997年分别位列第五和第六，但足协杯赛的成绩有所起伏，1996年获得亚军，1997年再次屈居亚军。1998年，俱乐部排名第九。
1999年是鲁能的转折点，他们不仅夺得了甲A联赛的冠军，还成功卫冕了足协杯，创造了中国首支双冠王的辉煌记录。2000年，他们保持了联赛第五的排名。
2001年至2003年，鲁能的成绩有所波动，分别位列第六、第四和第十二名。然而，2004年是他们再次辉煌的开始，中超元年便获得联赛第二，同时夺得足协杯和中超联赛杯冠军，再度成为双冠王。
之后几年，鲁能延续了强劲的势头，2005年获得中超联赛第三名，2006年更是提前六轮锁定联赛冠军，同时拿下足协杯冠军，实现了三度双冠王的伟业。2007年，他们排名第三，李金羽荣获中超联赛金靴奖。2008年，鲁能更是以冠军之姿结束赛季，并赢得了最佳教练和最佳赛区奖。
2009年，鲁能的排名下滑至第四。然而，在2010年和2010年10月，他们分别提前两轮和两轮再次登顶中超联赛冠军。2011年，他们在联赛中排名第五，但足协杯仅获得亚军。2012年，尽管联赛排名下滑至第十二，但足协杯仍闯入四强。
山东鲁能集团有限公司成立于2003年1月，以煤电、房地产等为核心业务。公司被中国企业联合会、中国企业家协会评为2004、2005年度“最具影响力企业”，2006年度“最具成长性企业”，2007、2008年度“最佳诚信企业”。“鲁能”商标连续三年被国家工商总局评为“中国十大公众认知商标”，2004年2月，被国家工商总局认定为“中国驰名商标”。