事业单位工作人员的处分权限和程序在《事业单位工作人员处分暂行规定》第四章中有详细规定。
首先，关于处分的决定权限，（一）警告、记过、降低岗位等级或撤职处分，一般由事业单位或其主管部门在干部人事管理权限范围内作出决定，事业单位内部的决定需报主管部门备案；开除处分则由事业单位主管部门决定，并报同级人事综合管理部门备案。对于直属事业单位的人员，由本单位或有关部门决定，其中开除处分需报人事综合管理部门备案。
其次，处分的办理程序包括：（一）初步调查后，需要进一步查证的，经负责人批准或有关部门同意后立案；（二）对违法违纪行为深入调查，收集证据形成书面报告；（三）告知被调查人员事实和依据，听取陈述和申辩，并复核；（四）根据权限作出处分决定；（五）印发处分决定；（六）书面通知受处分人员及其单位，宣布处分；（七）将决定存入档案，自作出之日起生效。
在调查过程中，若涉嫌人员已立案调查且不宜继续履行职责，可暂停其职责。调查期间，不得解除合同、出国（境）或办理退休手续。调查需遵循公正原则，由两名以上办案人员进行，禁止非法收集证据。调查人员如与案件有关联，应提出回避申请，被调查人或相关方有权要求回避。
最后，处分决定应在立案后6个月内作出，特殊情况可延长至12个月。处分决定包括受处分人员的基本信息、违法违纪事实、处分种类、申诉途径等，处分决定作出后，事业单位应办理相关手续，如档案和社会保险转移。
2012年8月22日，人力资源和社会保障部、监察部令 第18号公布《事业单位工作人员处分暂行规定》。该《规定》分总则、处分的种类和适用、违法违纪行为及其适用的处分、处分的权限和程序、处分的解除、复核和申诉、附则7章48条，自2012年9月1日起施行。