经济补偿金的计算是以劳动者的应发工资作为基数，这个是包括社保和住房公积金的。不能够扣除掉社保和住房公积金的实发工资作为基数计算。
按照《关于贯彻执行<<中华人民共和国劳动法>若干问题的意见》（劳部发[1995]309号）第五十三条规定，劳动法中的“工资”是指用人单位依据国家有关规定或劳动合同的约定，以货币形式直接支付给本单位劳动者的劳动报酬，一般包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、延长工作的时间的工作报酬以及特殊情况下支付的工资等。
实践中劳动者的工资一般有基本工资、应发工资、实发工资之分。基本工资通常是用人单位给劳动者设定的底薪，一般未包括加班工资、津贴、补贴、福利待遇等。应发工资是指劳动者提供正常劳动按照法律规定应当获得的全部工资，包括基本工资、加班工资、奖金、津贴等。实发工资是劳动者每月实际拿到的工资，通常会被扣减一些费用，比如代扣代缴社会保险费、所得税等，劳动者实际拿到手的金额通常会比应发工资少。
根据《劳动合同法实施条例》第二十七条规定：“劳动合同法第四十七条规定的经济补偿金的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴、和补贴等货币性收入。劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准的，按照当地最低工资标准计算。劳动者工作不满12个月的，按照实际工作的月数计算平均工资。”显然，经济补偿金的计算是以劳动者的应发工资作为基数。
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