由大肠杆菌所致的鸭大肠杆菌病以肝脏肿大、出血和脑壳出血、脑组织充血以及坏死灶为特征性病变，不呈现心包炎、肝周炎和气囊炎，而心包炎、肝周炎和气囊炎是鸭疫里氏杆菌病的特征性病理特征，是重要的鉴别之一；将病料接种于鲜血琼脂培养基和麦康凯琼脂培养基，经37℃培养24～72小时，大肠杆菌能在两种培养基上生长，呈大肠杆菌菌落特征，而鸭疫里氏杆菌仅能在鲜血琼脂培养基上生长，呈特征性菌落，是鉴别之二；将病料涂片或触片染色镜检，大肠杆菌较大，大小不太一致，而鸭疫里氏杆菌呈卵圆形小杆菌，而且大小比较一致，是鉴别之三；必要时进行小鼠接种，大肠杆菌能致死小鼠，而鸭疫里氏杆菌不能致死小鼠，也是实验室鉴别诊断之四。