我不知道你具体要比较两者在哪一方面的区别，楼上2位已经就组织机构和职位范围作了说明，我就不重复了，我说说其他方面吧，也是我作为一个老公务员的体会
先说待遇问题。必须说明的是，部委和派出公务员的待遇，一般情况下好于欠发达地区地方公务员，差于发达地区公务员。而行业差（如海关等）也会因阳光工资的缘故逐渐拉平。部委之间的差别并不是太大。所以如果你冲着工资奖金福利来的，如果你是垄断国企员工，或者江浙沪等发达地区公务员，那劝你还是别考了。差别会超乎你的想象。
讲起前途。如果前途是级别，那毫无疑问，部委公务员拥有天生优势。地方上的局长看着名头响，什么什么局长，实际上级别都很低。地级市的局，不过处级。如果是县里的局，不过是科级。而且越在地方，越限于编制问题。一个科级单位，总共就那么几个正科级职数，所以很多人到退休也不过副主任科员到底，但是部委里基本上不会出现这种情况。只要你不犯错误，正常情况下调研员退休没问题，出色点的人估计就是副巡视员。
至于说任实职。必须清醒。只有很少数的人基于自身和非自身条件能够任实职。而越是高级别的地方，越相对容易。 事实上，公务员队伍中能够最后脱颖而出，独当一面，站在聚光灯下的永远是少数中的少数。
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