新三板交易规则中，基础层和创新层交易规则方面主要区别如下：
1、企业门槛不同。基础层、创新层、精选层对挂牌企业的要求不同，精选层的门槛是三个层次中最高的。另外，监督部门对精选层企业的
信息披露要求、监督管理也是更严格的；
2、交易机制不同。基础层、创新层采用的是
集合竞价交易方式，基础层每一个小时撮合一次，创新层每10分钟撮合一次，而精选层采用
连续竞价的方式进行交易；
3、投资者门槛不同。基础层、创新层、精选层对投资者的资金要求不同，基础层要求投资人前10个交易日账户资产日均不低于200万元，创新层是150元，而精选层是100万元。精选层已改革为
北交所，准入门槛为50万元。
新三板股票委托数量：每笔委托的股份数量应不低于1000股，但账户中某一股份余额不足1000股时可一次性报价卖出。新三板股票交易时间：周一至周五：9：30——11：30、13：00——15：00；遇到
法定节假日、公休日不开市。新三板涨跌停板：全国中小企业股份转让系统对股票转让不设涨跌幅限制。全国中小企业股份转让系统公司另有规定的除外。新三板股票成交到账时间：股份和资金将在T +1日到帐。
新三板流动性不足，为了提升个股的交易活跃度，就设计出分层制度来——将最优质的公司挑选出来，以此来吸引投资者进行交易，减少投资搜索的时间和范围，从而更准确有效地指导投资和融资。从目前实施的效果来看，分层制度的推进是有效果的——最新数据显示，目前新三板挂牌公司合计7304家，
总股本4854.27亿股。其中，精选层共计66家，总股本108.44亿股。