1法律制度上的限制
当前我国非政府组织在法律制度上的保障还存在三个问题：（1）法律体系还不够健全。就我国非政府组织管理来说，国家虽然制定了综合性的法律规范，但缺乏纲领性的基本法律，这造成政府管理非营利组织的过程中出现援引法律依据的困境。加之，有关非政府组织管理的法律法规之间衔接程度很低，各类法律依据不配套。这些法律上的缺陷弱化了政府对非政府组织各类行为的监督，不少非政府组织在缺少有效监督的背景下出现行为失范，最终导致社会功能的缺失。（2）法律法规过于原则化，操作性不强。比如，现在没有具体可操作性的规范来指导非政府组织的政治参与行为，也没有具体的操作性规范来协调好党、非政府组织和政府三者之间的关系。（3）立法层次不高。非政府组织管理的国家法律法规主要是依据国务院颁布的《社会团体登记条例》《民办非企业单位登记管理暂行条例》《基金会管理条例》、各地自行制定的地方性法规、规章和规范性文件等，显然，这些立法层次是有限的，而立法层次不高又会直接影响到非政府组织社会功能发挥的权威性。总之，由于我国有关非政府组织的法律体系不够完善、原则性太强、立法层次不高等因素使我国非政府组织社会功能的发挥受到了很大限制。
2管理体制上的限制
当前，我国“政府管理民间组织的首要目标是限制其发展并规避可能的政治风险，其手段则表现为通过双重审批进行准入限制”。[7]对非政府组织进行管制当然是必要的，但双重管理体制毕竟是计划经济下全能政治主义的产物。改革开放以后，我国市场经济得到培育和发展，市场和社会的空间逐渐得到开放，政府也不再是全能政府。显然，目前我国采用传统的双重管理体制已经与时代有所脱节，它在很大程度上制约了我国非政府组织社会功能的有效发挥。例如，对民间组织的登记实际上存在着双重门槛，从而造就大批“非法”民间组织；再如我国管理民间组织的三个条例在登记管理机关和业务主管单位监督管理的职责划分上具有原则性过强、交叉和模糊地带较多的特征，这些特征容易造成职责不分的情形，职责不分的结果又会造成政社不分、从而削弱非政府组织的独立性。[8]（P254）总而言之，门槛过高限制了我国非政府组织的数量，政社不分、独立性差就难以体现我国非政府组织的主体性地位，由此一来，我国非政府组织的社会功能必然会受到严重的负面影响。
3组织自身建设和能力上的困境
组织自身建设和能力问题是非政府组织有效发挥社会功能的内部条件和主体基础。然而，当前我国非政府组织在自身建设和能力建设上，还存在诸多瓶颈和困境：首先是独立性不足。当前我国的民间组织实际上是主管单位的下属机构，从而导致民间组织过于依赖政府，官办色彩浓厚，独立性不足；其次是发展经费缺乏。由于我国的福利资金不足，很难再分给还没有真正纳入政府福利体系之内的非政府组织。另外，体制外非政府组织的发展主要靠自筹资金（主要是通过外国援助），少量的社会捐助和一定的服务收费，由于缺乏公益传统和政府对鼓励个人和企业捐赠的措施有限，民间捐赠的数量很少；再次是人力资源不足。当前我国非政府组织因缺乏资金，不能给人才提供良好的经济条件，因而无法吸引高素质的人才；最后，当前我国非政府组织的内部治理实际上缺乏相应的制度规范，普遍存在治理不善的问题。总之，当前我国的非政府组织，无论是人们的观念，还是非政府组织的数量、规模，以及更为重要的其整体的能力和作用，都还跟不上社会、经济发展的需要，这也极大地制约了我国非政府组织社会功能的有效发挥。
4文化价值观念上的约束
文化价值观念是影响非政府组织社会功能发挥的深层次因素，当前我国不同的主体对非政府组织的功能发挥还存在不少的约束性观念，其表现如下：（1）党和政府对非政府组织还持有一定的控制观念。改革开放以后，虽然党和政府开始认识到非政府组织对于政府职能转变的重要性，强调要发挥非政府组织的桥梁与纽带作用，但全能主义国家的路径依赖常常使政府官员将非政府组织作为社会政治秩序的一种潜在威胁和政府权威的挑战力量，从而未能对非政府组织充分信任。而在现实中，一些非政府组织常常接收到国外资金的资助，而这些国外资助可能附加一些条件，更加引起政府的关注，从而为从严控制非政府组织提供了依据。（2）公众对非政府组织还持有怀疑观念。“对于官办性质浓厚第三部门组织，我国公众往往将其作为第二政府看待；而对于实力弱小的草根组织，公众往往对其能力持怀疑态度，从而忽视它们的存在或坚持对它们进行谨慎的评价。此外，在这个集权化明显的社会中，公众尚不能真正体会到第三部门的存在和发展对他们的生活将产生何种影响。”[9]因为公众对非政府组织的能力和发展持一种怀疑的态度，这使得非政府组织在我国缺少公众的支持和参与，其社会功能的发挥受到负面影响。（3）我国非政府组织对待自身持有依赖政府的观念。如前所述的双重管理体制，使得非政府组织不得不依赖政府，其自身的独立性肯定受到严重的影响。
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