旗舰店和专卖店及淘宝店区别为：性质不同、特点不同、商品不同。
一、性质不同
1、旗舰店：是指某一品牌在某城市中最大且最为丰富齐全的营业店
2、专卖店：是指专门经营或授权经营某一主要品牌商品（制造商品牌和中间商品牌）为主的零售业形态。
3、淘宝店：是淘宝卖家在淘宝所使用的网上店铺
二、特点不同
1、旗舰店：是有着规模化倾向的商业经营模式，这对产品线的要求是比较高的
2、专卖店：销售体现量小、质优、高毛利；采取定价销售和开架面售；注重品牌名声、从业人员必须具备丰富的专业知识，并提供专业知识性服务。
3、淘宝店：方便快捷、不易压货、打理方便、分销渠道多
三、商品不同
1、旗舰店：是某一品牌的实体商品，包配套的售后服务
2、专卖店：是某一品牌的实体商品，包配套的售后服务和旗舰店相同
3、淘宝店：商品可以是服务、电子商品、实体商品
参考资料来源：
一、从旗舰店、专卖店的定义上来看，区别主要有：
旗舰店：是商家以企业自有品牌入驻淘宝商城，所开设的店铺称为该品牌的“官方旗舰店”。
专卖店：企业持正规品牌授权书，在淘宝商城开设该品牌的店铺，称为“品牌专卖店”。
二、在经营主体上的区别是：
旗舰店：自有品牌企业(品牌须为申请开店的企业所有或企业法定代表人所有)。
专卖店：取得该品牌所有者或公司正式授权的企业法人。
三、在经营范围上的区别：
旗舰店：同一品牌、同一个一级类目下的所有产品。
专卖店：授权品牌下同一级类目内的所有产品。
店铺和网店的区别：
店铺，即商店，是坐商进行贸易活动的场所。唐朝封演《封氏闻见记》写道:"至京邑城市，多开店铺"。可见陕西省早在1000年前，就已习用"店铺"一词。如今，民间习惯称大者为"店"，小者为"铺"。另外，旅舍也叫"店"，旧时称住旅舍为"住店"。 店铺的营业场所，叫"店面"、"铺面"。
网店:作为电子商务的一种形式，是一种能够让人们在浏览的同时进行实际购买，并且通过各种在线支付手段进行支付完成交易全过程的网站。网店大多数都是使用淘宝、易趣、拍拍、京东、购铺商城 购物等大型网络贸易平台完成交易的。