D3131次列车经过以下站点：上海虹桥站、昆山南站、苏州北站、无锡东站、常州北站、南京南站。
D3131次列车是一趟从上海虹桥站始发，途经多个站点后，最终到达南京南站的动车组列车。列车沿途会经过以下站点：
1. 上海虹桥站：作为列车的始发站，上海虹桥站是上海的一个重要铁路枢纽，也是连接多条高铁线路的交汇点。
2. 昆山南站：位于江苏省昆山市，是连接上海与江苏地区的重要站点之一。
3. 苏州北站：位于苏州市，是列车进入江苏境内的第一个大站，也是连接苏南地区的重要节点。
4. 无锡东站：位于江苏省无锡市，是连接无锡与周边城市的重要交通枢纽。
5. 常州北站：位于常州市，是常州地区的重要铁路客运站，连接沪宁等线路。
6. 南京南站：作为列车的终点站，南京南站是南京市的主要铁路客运站之一，连接多条高铁线路，通达全国各大城市。