在南京本身就有一处博物馆，叫南京市博物馆，属于市级博物馆，位于南京秦淮区的朝天宫。而南京博物院在江苏来说为省级博物馆，或者在博物馆等级中为国家级一博物馆，这也是为了不冲突，不过也有很多人把这两个地方弄混。
南京博物院南京博物院位于南京市玄武区中山东路321号，简称南院或南博，其前身是1933年蔡元培等倡建的国立中央博物院，中国第一座由国家投资兴建的大型综合类博物馆。南京博物院是大型综合性的国家级博物馆、国家综合性历史艺术博物馆，现为国家一级博物馆、首批中央地方共建国家级博物馆、国家AAAA级旅游景区和全国重点文物保护单位。
南京博物院占地13万余平方米，为“一院六馆”格局，即历史馆、特展馆、数字馆、艺术馆、非遗馆、民国馆。另全院设“六所”的研究部门，即考古研究所、文物保护研究所、古代建筑研究所、陈列艺术研究所、非遗保护研究、古代艺术研究所，并设有中国博物馆中唯一的民族民俗学研究机构。
截至2010年，
南京博物院现拥有各类藏品42万余件（套），国宝级文物和国家一级文物有二千件以上，上至旧石器时代，下迄当代，既有全国性的，又有江苏地域性的；既有宫廷传世品，又有考古发掘品，还有一部分来源于社会征集及捐赠，均为历朝历代的珍品佳作，可以说是一座巨大的中华民族文化艺术宝库。青铜、玉石、陶瓷、金银器皿、竹木牙角、漆器、丝织刺绣、书画、印玺、碑刻造像等文物品类一应俱有，每一品种又自成历史系列，成为数千年中华文明历史发展最为直接的见证。