学校一般不会鉴别印章的真伪性，因为涉及到学生数量太多。三方协议盖假章后果是不具备法律效力的。
首先不是学校查出来的，是所在地的教育局查的，教育局查询一般是根据三方协议上面预留的企业电话，打电话咨询，如果对方说有这个人，就不会再去核对，这件事情是对学校的审核，审核学校在就业率上有没有弄虚作假，不建议盖章。
具体关于毕业生就业协议如下：
毕业找到理想的工作的，可以和企业、学校签订三方协议，三方协议可以保障毕业生的权益；
由于毕业考研等原因，毕业生可以申请档案留校，暂不签订三方协议；
毕业生还可以签订灵活就业合同。
三方协议是《全国普通高等学校毕业生就业协议书》的简称，它是明确毕业生、用人单位、学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式，能解决应届毕业生户籍、档案、保险、公积金，改派等一系列相关问题。协议在毕业生到单位报到、用人单位正式接收后自行终止。
三方协议一旦签署，就意味着大学生第一份工作就基本确定，因此，应届毕业生要特别注意签约事项。高校就业办一位老师说，大学生签三方协议前，要认真查看用人单位的隶属，国家机关、事业单位、国有企业一般都有人事接收权。民营企业、外资企业则需要经过人事局或人才交流中心的审批才能招收职工，协议书上要签署他们的意见才能有效。应届毕业生还要对不同地方人事主管部门的特殊规定有所了解。
三方就业协议书不同于劳动合同。首先，三方就业协议书是国家教育部统一印制的，主要是明确三方的基本情况及要求。三方就业协议书制定的依 据是国家关于高校毕业生就业的法规和规定，有效期为：自签约日起至毕业生到用人单位报到止的这一段时间。而劳动合同是受《劳动法》和《合同法》的限定和保护，有些用人单位如许多外企在确定录用时（注：在到用人单位报到前），就同时要求和毕业生签订一份类似劳动合同的协议；而更多的用人单位则要求先签“就业意向书”，毕业生报到后再签订劳动合同。其次，就业协议是三方合同，它涉及学校、用人单位、学生等三方面，三方相互关联但彼此独立；而劳动合同是双方合同，它由劳动者和用人单位两方的权利、义务构成。第三，毕业生签订就业协议时仍然是学生身份，但是签订劳动合同时应当是劳动者身份。劳动合同一经签订，就业协议的效力应当丧失。如果劳动合同与三方协议附件内容矛盾，以劳动合同为准。
法律依据
《高等学校校园秩序管理若干规定》
第三条 学校的师生员工以及其他到学校活动的人员都应当遵守本规定，维护宪法确立的根本制度和国家利益，维护学校的教学、科研秩序和生活秩序。学校应当加强校园管理，采取措施，及时有效地预防和制止校园内的违反法律、法规、校规的活动。
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