肝癌的病因较多，最重要的还是肝硬化，最常见的是乙肝病毒、丙肝病毒，还有酒精和药物因素引起的肝硬化，肝硬化可以慢慢转变为肝癌。但有的肝炎也会直接转变为肝癌，没有通过肝硬化这个环节，肝癌和遗传以及精神因素也有关系。
一、主要病因
1、原发性肝癌：目前认为肝癌发病与肝硬化、病毒性肝炎、黄曲菌素等某些化学致癌物质作用和水土因素有关，肝癌细胞极易经门静脉系统在肝内播散，形成癌栓后阻塞门静脉主干可引起门静脉高压的临床表现。血行肝外转移最多见于肺，其次为骨、脑等。肝癌经淋巴转移者相对少见，可转移至肝门淋巴结以及胰周、腹膜后、主动脉旁及锁骨上淋巴结。在中、晚期病例，肿瘤可直接侵犯邻近脏器及隔肌，或发生腹腔种植性转移。
2、继发性肝癌：继发性肝癌由于其他部位恶性肿瘤长到一定程度后会释放癌细胞进入循环系统，并最终进入肝脏形成肝癌。其中恶性程度较高的癌细胞会释放生长因子，促进自身肿瘤细胞的增殖，逐渐形成独立的肿瘤细胞。
二、诱发因素
1、病毒性肝炎：在已知的肝炎病毒中，除甲型肝炎病毒外，均与肝癌有关，但研究较多，且比较一致的看法是乙型肝炎病毒及丙型肝炎病毒与肝癌关系密切。乙型肝炎病毒和丙型肝炎病毒的持续感染导致慢性肝炎、肝硬变，部分病人在此基础上发生肝癌。乙型肝炎病毒为发展中国家的主要病因，而丙型肝炎病毒则为发达国家的主要病因。
2、进食黄曲霉菌及其他霉素污染的食物：研究发现有十多种霉菌毒素能诱发动物不同器官的肿瘤，黄曲霉菌是几种有毒霉菌的一种，它的毒素对肝脏有强烈的毒性。大量调查研究发现，黄曲霉菌污染分布图与肝癌高发区地理分布几乎一致，易发生霉变的食物有大米、麦子、大豆、花生、玉米、菜籽油等。
3、饮酒：流行病学调查表明长期大量饮酒与肝癌有关，饮酒对于肝癌的发生有显著而独立的作用，并呈显著的剂量效应关系。一般认为过量饮酒常通过脂肪肝、酒精性肝炎及肝硬变等步骤，最终导致肝癌。在酒精性肝硬变中有10％~30％发生肝癌。
4、水源污染：饮用水因某些化学致癌物质和某种水藻的污染与肝癌的发生也有关系。已发现污染的水中有百余种致癌或促癌物质。饮用水特别是沟塘水常被有机致癌物，如六氯苯、苯并芘、多氯联苯等污染。
5、化学致癌物质：一些化学物质如亚硝胺类、偶氮芥类、酒精、有机氯农药等均是肝癌的致癌物质。其中以N-亚硝基化合物为主，动物实验中发现二甲基亚硝胺、3-硝基苯胺能诱导肝癌。流行病学调查显示长期接触农药或杀虫剂的个体肝癌发生危险性明显增高。动物实验已经证实，一些剧毒农药如五氯(苯)酚、六氯苯能诱发肝癌形成。我国是一个农业大国，人们在使用农药或杀虫剂等有机溶剂时，应引起注意。
6、疾病因素：经研究发现有些疾病能增加患肝癌的危险性，如糖尿病、食管静脉曲张、肝硬化、肥胖症、脂肪肝、遗传性血色病、遗传性毛细血管扩张症、α1抗胰蛋白酶缺乏、慢性肝炎、非酒精性脂肪肝等，目前有关疾病因素致癌机制仍不清楚。
7、遗传因素：肝癌具有明显的家族聚集性和遗传易感性，与肝癌病例有血缘关系的家族中，出现肝癌的人数远超过无血缘者，其中近亲又高于远亲。
8、营养因素：研究发现，蔬菜、水果摄入能降低癌症的危险性，也有研究发现喝咖啡与肝癌发病率降低有关，并且存在剂量效应关系，常饮咖啡是肝癌的一个保护性因子。硒是一种抑癌元素，硒可提高机体的免疫功能和解毒功能，硒的缺乏有助于肝癌的形成，如海带含硒量非常丰富。
9、免疫状态：有人认为肝癌患者血浆中含有一种封闭因子，能抑制细胞免疫并保护肝癌细胞不受免疫细胞杀伤。现已证明，肝癌产生的甲胎蛋白就有此作用。
10、其他因素：研究表明长期口服避孕药可增加肝腺瘤的危险，也可增加肝癌的危险。
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