巴基斯坦跟以色列的争端主要有以下两点：
1.领土之争
领土争端是巴基斯坦和以色列争夺的焦点。他们身后分别代表的不仅仅是两个国家，还是两个民族。他们代表了各自民族的利益进行碰撞。从根本上来看，两者就是是领土之争。领土就是他们的利益，针对领土的争端我们可谓是屡见不鲜。但是，随着领土争端所引发的冲突的不断加剧，激化了双方民族和宗教矛盾。另一方面，随着巴以冲突在历史长河中的演变，民族宗教矛盾渗透并影响着巴以关系。
2.宗教之争
不管是在奥斯曼帝国长达400余年的统治之下的巴基斯坦地区，还是第一次大战结束后英国80年统治之下的巴基斯坦，都始终没有从更本上改变巴勒斯坦的阿拉伯属性。因为它们都只在七世纪开始的阿拉伯帝国统治了八个世纪的基础上建立起来的。现在随着犹太居民的大量涌入，这会激起阿拉伯人的强烈的不满和坚决的反对。于是，两者开始发生冲突，土地之争和分割经济利益是实质，民族矛盾和宗教冲突是表现形式。
可见，巴以冲突的本质是两个民族间的利益冲突，是催生双方极端主义与恐怖主义的诱因之一，巴以民族问题的解决将经历一个相当漫长的过程。和平谈判是化解巴以冲突就需要国际社会多方参与、持续推动，尽早解决全球治理中的这一大难题。