独立学院与民办高校的区别是:办学层次不同、办学的主体不同、学校名称区别。
一、办学主体不同
民办院校的办学主体是社会力量办学，包括个人或者社会机构办学；独立学院的办学主体是普通高校，合作者是社会力量。民办院校是按照民办教育促进法设立的，独立学院是教育行政规章设立的。
二、办学层次不同
独立学院是指实施本科以上学历教育的普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合伙创立，因此独立学院一定是本科。而民办高校中专、本科都有。
三、学校名称不同
从学校名称上看，民办院校都有自己的校名，而独立学院则是设立在某一个大学名下，比如厦门大学嘉庚学院、四川大学锦江学院、吉林大学珠海学院、燕山大学里仁学院、中国传媒大学南广学院等。
四、学历证书不同
独立学院和民办院校的毕业生都可以获得国家承认的学历证书，毕业证书均可以在中国高等教育学生信息网上查询得到。但是，独立学院毕业证书上加盖的是某某大学某某学院的印章，而学校本部学生的毕业证书只盖有自己学校校名的印章。而民办院校的毕业证书上印章就是学校校名。
拓展知识
独立学院是本科，而民办学院是本科、专科都有。独立学院是按照教育部行政规章设立的，而民办学院是按照民办教育促进法设立的。
民办学院有自己的校名、组织机构、师资力量和自己独立颁发的毕业证书。但是独立学院一般都是在某个大学名下设立的。可能会和挂名大学在同一个校园，也可能在师资量方面有共享，这是民办学院没有的优势。
独立学院毕业时，如果成绩好的学生可以推荐使用挂名院校的毕业证书，但是毕业证书上可能会略有差别。但是民办学院会有自己的毕业证书。独立学院因为不是公办院校，所以一般学费都会比较贵，基本学费都在一万以上，独立院校大多是在本科三批招生，但是现在在很多省市都合并到本科二批招生了。
独立学院与民办学院哪个好
传统意识认为，独立学院是挂靠在名牌大学之下，自然质量要比民办大学高，实际上这点也不能一概而论。在笔者研究的过程中，近九成的独立学院都有受到母体大学师资学科上面的支持，但也有部分学院的师资不其理想。反观很多民办学校则是通过灵活的机制、资金投入，聚合了优秀的师资和学科资源。
事实上国家一直以来都是在鼓励独立学院真正脱钩母体，很多独立学院也都在做出决定或将此提上日程，但如果真正脱钩很多独立学院的教育质量将会有明显下滑。这是非常矛盾的一点，也是学生在择校时需要考虑到的风险。