蛋白质的变性是指维系蛋白质高级结构的空间维系力被破坏，造成二级结构解除，比如通过破坏氢键、离子键、
范德华力、疏水力等空间维系力，可使蛋白质变性。变性现象是由于分子内部的结构发生了改变。
天然蛋白质分子内部通过氢键等
化学键联系使整个分子具有紧密的结构，变性后，氢键等次级键被破坏，蛋白质分子就从原来有秩序的紧密结构变为无秩序的松散结构。
而沉淀作用中蛋白质不变性，破坏蛋白质胶体及同种电荷可使蛋白质沉淀。方法围绕这个原理，可通过破坏水化膜而破坏胶体，蛋白质颗粒外围有水化膜，这是亲水集团吸附水而造成的，加入
硫酸铵，硫酸钠或
氯化钠等中性盐，破坏蛋白质的水化膜和同种电荷，使蛋白质颗粒相互聚集，发生沉淀；还可通过在pH≠pI的溶液中，蛋白质带有同种电荷的方法，pH>pI，蛋白质带负电荷；pH<pI，蛋白质带
正电荷。同种电荷相互排斥，阻止蛋白质颗粒相互聚集，发生沉淀。调节PH使之不等于PI则可。
两者都使蛋白质沉淀，但性质不一样，变性作用中蛋白质空间构象破坏，已失活；沉淀作用中蛋白质依然存有活性。两者中蛋白质一级结构都维持不变。