尽管大多数科学家接受了达尔文和华莱士的进化论和自然选择的思想，但公众的跟进却要慢上一拍。许多人认为达尔文主义是无神论，其实，达尔文为此也有过一番长期且费力的思想斗争。如果有机体是通过自然选择这一机制获得适应，那么，在创世或者世界及其生物的持续发展中，上帝的位置在哪里呢？
华莱士基于自己的观察，独立地形成了许多和达尔文一样的进化思想。有些科学家也强烈地表示反感。英国牛津大学的著名地质学家欧文（Richard Owens，1804—1892）和美国哈佛大学的阿加西斯（Louis Agassiz，1807—1873）就是科学阵营中最强烈的反对者。阿加西斯是一位声誉卓著、知识渊博的博物学家，尤擅长于学术普及。他坚持认为，地球上的有机体是通过造物主的一系列创造过程而形成的。根据这一观点，有机体随着时间的流逝变得越来越复杂，并且越来越适应其环境，这正是一系列超自然创造的结果。
塞治威克（Adam Sedgwiek，1785—1873）是剑桥大学的保守派地质学家，他是达尔文学说的又一位反对者。1865年在提及他的同事莱伊尔时说道：
“莱伊尔会容纳整个（进化）理论，对此我毫不奇怪，因为没有它，他所解释的地质学要义就会没法成立。……他们可以按他们的意愿来修饰它，但是这种变异理论，十之八九，会以十足的唯物主义告终。”
如果一个物种是从另一个物种演变而来，对于大多数人来说，它就会引出这一令人不安的观点，亦即人类必然是从非人类的祖先演变而来，尽管达尔文在他的书中竭力避免这一说法。
赫胥黎：进化论和达尔文自然选择理论的捍卫者。争论变得越来越激烈。讽刺达尔文类似于猿的漫画出现在报纸上。论文和讲演在各处涌现。达尔文一直沉浸于女儿安妮的不幸夭折所带来的悲痛之中，自己又在生病，而争论使他的病情更为加重。他无论如何也没有心情卷入论战之中。就在这时，赫胥黎（Thomas Henry Huxley，1825—1895）出现了，在饶有兴致地读过《物种起源》（他扪心自问：我为什么没有想到这些？）之后，他挺身而出，完全站在达尔文一边。他自称为“达尔文的斗犬”（赫胥黎热衷于激烈的辩论），无论何时何地，只要可能，他就热忱地对进化问题进行辩论。
在英国科学促进协会发起的一场声势浩大的辩论会上，在700位听众面前，赫胥黎遇到了牛津的主教威尔伯福斯（Samuel Wilberforce，1805—1873）（由于他的精于世故和伶牙俐齿，被人们称为“狡猾的萨姆”）。但是，威尔伯福斯，也许已受欧文所谓“事实”的影响，在维多利亚时代的听众们面前大丢面子，因为他不怀好意地问赫胥黎，他的父母谱系中，谁是猿的后代，父系还是母系？
赫胥黎知道自己可以出牌反击了。听众正等着一场表演，机灵的赫胥黎满足了这一愿望，他坦然回答，宁愿来自猿的后代，也不愿来自这样一位有教养的人，竟然在严肃的科学争论中引入这样一个问题。威尔伯福斯无言以对。
1863年，莱伊尔以《人类古老性的地质学证据》（Geological Evidence of the Antiquity of Man）一书加入这场论战。他站在达尔文主义这一边，尽管比他朋友所希望的还是有点软弱。他指出，人类或类人生物在地球表面必定已经生存了成千上万年。但是他没有公开说他相信变异，也没有说人就是从类猿生物演化而来。
1871年，达尔文出版了《人类的由来及性选择》（The Descent of Man，and Selection in Relation to Sex）一书，其中他通过相当多的研究证据，来支持人类源于动物的思想。他指出，人耳上残存的耳郭，其中有些肌肉显然是用于移动耳朵的。他还提到，脊柱底部的尾骨，是痕迹器官的又一例证，显然它是人种演变过程中的早期遗留产物。
在某些领域中，反对之声持续不断——萧伯纳（George Bernard Shaw，1856—1950）也在反对达尔文主义，他相信的是拉马克主义和某种神秘的生命力。直到1936年，威尔士（HerbertGeorge Wells，1866—1946）写作《槌球运动员》（Croquet Player），其中考察了有文化的英国贵族在面对“体内兽性”这一知识时所表现出的不安。但是大多数人在19世纪末都已改变立场，除非是那些反对者，因为他们把进化论看做是圣经创世故事的对立面。
造人的过程