内能与机械能的相同点是它们都是能量的一种形式，可以相互转化。
区别：
一、概念不同
1、内能
内能（internal energy） 从微观的角度来看，是分子无规则运动能量总和的统计平均值。分子无规则运动的能量包括分子的动能、分子间相互作用势能以及分子内部运动的能量。物体的内能不包括这个物体整体运动时的动能和它在重力场中的势能。
2、机械能
机械能是动能与势能的总和，这里的势能分为重力势能和弹性势能。我们把动能、重力势能和弹性势能统称为机械能。决定动能的是质量与速度；决定重力势能的是质量和高度；决定弹性势能的是劲度系数与形变量。
二、性质不同
1、内能
内能是物体、系统的一种固有属性，即一切物体或系统都具有内能，不依赖于外界是否存在、外界是否对系统有影响。内能是一种广延量（或容量性质），即其它因素不变时，内能的大小与物质的数量（物质的量或质量）成正比。
2、机械能
从功能关系看，机械能守恒的条件是“系统外力不做功，系统内非保守力不做功”。这一条件与系统内保守力（重力或弹簧的弹力）是否做功无关，因为重力或弹簧弹力是否做功只是决定系统内是否发生动能和势能的相互转化，做功与否都不会改变系统机械能总量。
三、关系不同
1、内能
物体的内能应该包括其中所有微观粒子的动能、势能、化学能、电离能和原子核内部的核能等能量的总和，但在一般热力学状态的变化过程中，物质的分子结构、原子结构和核结构不发生变化，所以可不考虑这些能量的改变。
2、机械能
在只有重力做功的情形下，物体的动能和势能发生相互转化，但机械能总量保持不变。这是机械能守恒定律的最常见情形（即在重力势能和动能的相互转化中，只有重力做功的情况。
实际上，在重力势能和弹性势能与动能的相互转化中，只有重力和弹簧的弹力做功时，物体的动能和系统的势能之和保持不变，系统的机械能守恒），也是更普遍的质量守恒定律的一种特殊情况。
参考资料来源：百度百科-内能
参考资料来源：百度百科-机械能
内能和机械能的相同点：都是由动能和势能组成。
机械能包括物体的动能和势能。而内能指的是组成物体的分子（或原子）的动能和这些分子（或原子）之间的势能。
物体的内能中，分子（或原子）的平均动能对应着物体的温度，平均动能越大温度越高。而分子（或原子）之间的平均势能对应着物体的物理性状。比如说0摄氏度的水和0摄氏度的冰，它们内部的分子平均动能是相等的，但是0摄氏度的水内部的分子间平均势能大于0摄氏度的冰，所以等体积的0摄氏度的水的内能大于0摄氏度的冰，也所以水变成冰是要放出热量的。
内能是围观分子，包括分子动能和分子势能。
机械能和内能，两者之间没有联系。