本乡总校区:东京都文京区 40.27公顷
东京大学主校区设在东京都内文京区本乡,占地面积40公顷 ,全校绝大部分机构均在这里。另外在目黑区驹场另建一新校区,为教养学部及生产技术研究所所在地。附属学校、工同研究部门,实验实习基地(如农场、林场、地震、火山、天文等观察站)、师生员工宿舍等分布于全国各地。
赤门是日本东京大学本乡校区在本乡通侧的一个大门,原为加贺藩的御守殿门,“赤门”为御守殿门的俗称,此乃因为御守殿门皆漆为朱红色之故。依古代日本习俗,御守殿门一旦受灾损毁便不能重建,而东京大学的赤门是唯一留存下来的御守殿门,已有百年以上的历史,殊为难得,因此曾被日本政府列为国宝,现则指定为重要文物。赤门也是东京大学的代表性象征之一,被假借为东京大学的代称,也因而常被误以为是东京大学的正门,东京大学真正的正门在赤门旁边。
浅野校区:东京都文京区 4.37公顷
弥生校区:东京都文京区 11.28公顷
驹场校区:东京都目黑区 35.20公顷
白金校区:东京都港区 7.2公顷
三鹰校区:东京都三鹰市6.88公顷
检见川校区:千叶县千叶市 32.3公顷