1、二者意义不同
项目申请报告是企业投资建设应报政府核准的项目时，为获得项目核准机关对拟建项目的行政许可，按核准要求报送的项目论证报告。
项目建议书是由项目筹建单位或项目法人根据国民经济的发展、国家和地方中长期规划、产业政策、国内外市场、所在地的内外部条件，就某一具体新建扩建项目提出的项目的建议文件，是对拟建项目提出的框架性的总体设想。
2、二者内容不同
项目建议书是为发现市场投资机会提出项目(立项准备)所作的研究分析，主要是论证项目的必要性和建设条件是否具备。
企业投资项目可行性研究报告主要对市场预测、厂址选择、工程技术方案、设备选型、投资估算、财务分析、企业投资风险分析，以及是否符合国家有关政策法规要求等进行研究论证，回答企业所关心的各类问题。
3、二者目的不同
项目建议书是为了得到可行性研究报告，附上市场调查报告、厂址选择报告、地质勘查报告、资源调查报告、环境影响评价报告和自然灾害预测资料等文件。
项目申请报告不是对企业项目从自身角度是否可行所进行的研究，而是在企业认为从企业自身发展的角度看项目已经可行的情况下，回答政府关注的涉及公共利益的有关问题，目的是为了获得政府投资管理部门的行政许可。
4、二者作用不同
项目建议书决策者可以在对项目建议书中的内容进行综合评估后，做出对项目批准与否的决定。
项目申请报告是基于国家宏观政策规划、国家和地方中长期规划、产业政策，分析项目设立的政策背景，该报告的核心价值是：
（1）作为项目主审机构批复项目执行的依据；
（2）作为项目后期开展编制其他论证文件的依据；
（3）作为企业执行项目后期工作的依据。
参考资料来源：百度百科-立项申请报告
参考资料来源：百度百科-项目建议书
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