最现实的原因就是要检验武器效果，毕竟原子弹刚搞出来，虽然在新墨西哥的沙漠里进行了核试爆，但到底杀伤毁损效果如何？从美国军方到具体研制原子弹的科学家们都十分想知道。
而最能清楚显示原子弹效果的就是选择一个之前遭受战争破坏很小，或者说是在战争中基本完好的目标。
从1944年美军对日本本土开始战略轰炸后，京滨地区和阪神地区也被美军严重破坏，特别1945年1月和3月两次对东京几乎是毁灭性的大轰炸，四分之一的东京已成废墟，而神户几乎被大火烧成一片瓦砾，超过50%的大阪也不复存在了。选择东京和大阪作为原子弹轰炸的目标，实在无法真实检测出原子弹的效果。
所以之前基本未遭空袭的京都，小仓，广岛和长崎才被选择为目标。由于美国陆军部的反对，京都被排除，就剩下三个了，同时广岛是日本准备本土决战的西部总军司令部所在地，长崎是重要军港，小仓是军工生产中心。
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