1、事由不同。申诉是对处分决定不服或者其他处理决定不服所提出，是对案件的结果提出的异议；控告是指揭露个人、单位或者组织违法行使权力，侵害控告人合法权益的事实并要求惩处的行为。
2、目的不同。申诉的目的是为了撤销、变更处分或者结论；控告的目的是保护自己的合法权益，惩治违法违规人员。
处理方式不同。对申诉的处理是进行复议、复查；对控告的处理是按照有关规定进行审查核实。
法律依据：《中华人民共和国公务员法》第十五条公务员享有下列权利：
（一）获得履行职责应当具有的工作条件；
（二）非因法定事由、非经法定程序，不被免职、降职、辞退或者处分；
（三）获得工资报酬，享受福利、保险待遇；
（四）参加培训；
（五）对机关工作和领导人员提出批评和建议；
（六）提出申诉和控告；
（七）申请辞职；
（八）法律规定的其他权利。