南京市二本大学有：
1. 南京审计大学
2. 南京晓庄学院
3. 南京特殊教育师范学院
具体解释如下：
南京审计大学：是国内知名的财经类高校，学校注重财经领域的研究与实践。学校的学科特色鲜明，特别是在审计、会计等专业领域拥有很高的学术声誉。多年来，南京审计大学为社会培养了众多优秀的财经人才。
南京晓庄学院：是一所师范院校，以教育学科为主，同时涵盖了文学、理学、工学等多个学科领域。学校注重教育实践，培养学生的教育教学能力，为南京市乃至全国的教育事业做出了重要贡献。
南京特殊教育师范学院：这所学校以特殊教育为主要特色，致力于培养特殊教育领域的专业人才。同时，学校还涵盖了教育学、文学、理学等多个学科，为特殊教育事业的发展提供了有力的支持。这些学校在南京市的教育领域有着举足轻重的地位，为南京市乃至全国培养了大量的专业人才。
以上三所二本大学都是南京市内具有较高教育水平和声誉的学校，为南京市的教育事业和社会发展做出了重要贡献。