在我国的历史上，有过一段时间的“族内婚”阶段，但是因此经受了很大的灾难，所以我们可以找到不能同姓结婚的记载，比如说《左传》：“男女同姓，其生不蕃。”《国语·晋语》里也有记载：“同姓不婚，恶不殖也。”都是说明了同姓结婚的害处就是生下的孩子活不长久或者是多有疾病，因此在古代见得最多的就是姑表亲和姨表亲之间通婚，虽然也是近亲，但是可供选择的范围就很广了，而且也不能两个家族世代通婚，这完全是为了家族的繁衍考虑。
不过和我国隔海相望的日本皇室可不这样。日本皇室向来被传说是日本的神族，没有姓氏，也不受户籍法律管理，而是有专门的一套《皇室典范》来规范他们的日常生活，而且日本皇室为了保持皇室血脉的纯洁性，只会选择皇室内部成员进行通婚。就是说能够做皇后的的女子只能是和天皇有亲密关系的五个家族的姑娘，能做妃子的也不是一般家庭的女子，会受到门第的限制，所以日本皇室之间经常会近亲结婚。
近亲结婚的危害相信大家都有一个大概的了解，最大的危害就是会大大提高隐性遗传病的概率，据分析，近亲结婚的后代隐性遗传病会是非近亲结婚后代隐性遗传病的150倍，并且近亲结婚后代所患的先天性心脏病、无脑儿、脊髓裂变等多基因病的发病率约为1.64%，可以说一百个近亲结婚的后代中就会出现1~2个有上述疾病的，并且近亲结婚的后代体质很差，身高也比正常人矮，这也是日本皇室成员的身高都不怎么高的原因。
可是即使这样，日本皇室还是不放弃近亲结婚，比如日本的第20代天皇木梨轻，他在继承皇位之前，就爱上了和自己一母同胞的妹妹，不顾人伦关系就和她结了婚，甚至还说：“为了坚持皇室血脉的纯粹。”
除此之外还有日本历史上最著名的大正天皇，是日本的第123代天皇，生下来的时候身体与智力的发育就不太正常，后来长大了稍微好了一点，但是他根本就不能商议国策，在出席典礼的时候甚至拿着一张纸卷成纸筒当作望远镜，这让日本皇室的形象严重受损，到了后期更是患上了严重的精神疾病。
他的儿子裕仁，昭和天皇也不例外，6岁的时候就被发现右手的手指不太灵活，还有着先天近视的毛病，这都是基因里自带的遗传疾病，就算是通过医疗手段，也没有任何效果，他到了老年时期更是患有十二指肠癌，这让他的晚年非常痛苦。
而且因为近亲结婚的原因，日本皇室从1965年到2006年之间都没有男婴诞生，但是日本皇室的女性并没有继承皇位的权利。据统计，日本历史上一共出现了8位女天皇，但是在位期间都没有生育子女，到了晚年的时候都是直接传位给皇室的男性成员。而现在日本皇室只有一个小皇孙悠仁亲王，实在是阴盛阳衰的组成，所以日本皇室有在考虑恢复纳妾制度。