除了对人体有益的营养成分，酸奶饮料和酸奶在主要成分的含量上也有明显差距。活性乳酸菌不仅是酸奶不同于普通牛奶的主要成分，也是酸奶区别于酸奶饮料的主要成分，它“负责”分解出对人体有益的物质，具有促进营养的吸收、调节胃肠道功能等多种保健的功效，而且它的含量还直接决定了酸奶品质的优劣。
而一般的酸奶饮料却只含有乳酸，却不含有这种能发酵的活性乳酸菌。虽然少数酸奶饮料中也含有活性乳酸菌，但含量却非常少。
此外，酸奶和酸奶饮料要求的保存条件也不一样。由于需要保持这种乳酸菌的活性，酸奶要保存在低温环境里，一般在2－8摄氏度左右，而且保存时间通常在1个月以内。但酸奶饮料中的乳酸菌很少，甚至没有，所以保质期会比较长，保存条件也没那么严格，在室温下就能保存。
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