若用人单位的规章制度中有相关规定的，休年假扣奖金不违法。根据法律规定，劳动者依法享受年休假，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。但是该工资一般是指劳动者在正常工作时间内的基本工资，不包括奖金在内。
《职工带薪年休假条例》第二条机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假（以下简称年休假）。单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。《职工带薪年休假条例》第三条职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天；已满10年不满20年的，年休假10天；已满20年的，年休假15天。国家法定休假日、休息日不计入年休假的假期。《职工带薪年休假条例》第四条职工有下列情形之一的，不享受当年的年休假：（一）职工依法享受寒暑假，其休假天数多于年休假天数的；（二）职工请事假累计20天以上且单位按照规定不扣工资的；（五）累计工作满20年以上的职工，请病假累计4个月以上的。