论文查重时，文献部分被标红可能有以下原因：
文献部分存在重复或类似的内容，与查重系统的数据库中的文献重复。
文献格式未按照查重系统的要求进行排版，导致系统无法正确识别和处理文献部分的内容。
文献部分的引用过长，超过了查重系统设定的阈值，因此被判定为重复。
文献部分未被正确地引用到论文中，或者引用的格式不规范，导致系统无法正确识别和处理。
需要注意的是，文献部分是论文的重要组成部分，因此在论文写作和修改过程中，需要严格按照学校或机构的要求进行排版和引用，确保文献部分的格式和内容正确、规范。同时，需要注意选择可靠的查重系统进行查重，如知网、paperfree、papertime等，以保证论文的质量和准确性。
其次，自写部分被标红也可能是因为论文中使用了与他人已有研究相似的表达方式和语言。即使自写部分内容并非完全抄袭，但如果使用了与他人论文相似的句子结构、词汇选择等，也可能被查重系统判定为重复或抄袭。
另外，自写部分被标红还可能是因为论文中引用的文献未正确标注或参考文献格式不规范。在撰写学术论文时，引用他人研究成果是必要的，但需要遵循学术规范并进行正确的引用和标注。如果引用未经标注，或者参考文献格式不符合要求，论文查重系统也会将其识别为相似内容。
此外，自写部分被标红还可能是由于学生对学术规范和论文写作规范的不熟悉导致。对于研究生而言，论文写作是一项重要的任务，但有些学生可能在这方面缺乏经验和指导。他们可能不清楚何为合理的引用、如何避免抄袭等。缺乏对学术规范的了解可能导致自写部分被标红。
总之，自写部分被标红可能是由于与他人研究成果重复、使用相似的语言表达、引用不当或学生对学术规范不熟悉等原因。为了避免这种情况的发生，学生应该加强论文写作规范的学习，严格遵守学术道德规范，并注重对引用和参考文献的正确标注。此外，学校和指导教师也应提供必要的指导和培训，帮助学生提高论文写作和学术研究的能力，从而更好地完成研究生毕业论文。本回答被网友采纳
论文引用了还被标红的原因需要排查如下问题：
1. 有明显的“参考文献”标记，参考文献4个字独占一行，下面 是各个参考文献条目；
2. 每个参考文献有明显的标号，标号可以是以下任意一种：【Num】、[Num] 、(Num)；
3. 标号可以是Word自动生成也可以手工书写；标号内不要添加标点符号，例如：不要[Num.]或(Num、)等；
4. 每个参考文献中最好有时间信息或者URL或《》书目信息；
5. 一条参考文献内及在此条参考文献没有结束时不要有手动换行或者回车符 （即顺其自然，满行后会自动换行，请勿人为！）
在写论文过程中引证文献是在正常不过的事情了，在写作之前要阅览很多的 文献，了解行业界学科发展的状况，这本身也是常识积累和学习的一个过程，因此，只要作者在写论文 的时候，用正确的引用格式，且引用的部分不是很大就不会有影响。
知网论文查重会自动识别为引用部 分，以绿色字体标注。但是一定要注意的是，引用过程中绝对不能大片的引用，因为也会被检测为抄袭 。用户进入中国知网后，在首页的检索栏中输入想要引用的参考文献，之后点 击操作下方的引用按钮，即可直接引用对应参考文献的格式，也可以点击下载导出至用户电脑中。