1922年，一个偶然的机会使人们发现了位于哈拉巴以南600公里处的马亨佐达摩遗迹，这里出土的物品与哈拉巴出土的相似，人们才想起了50年前哈拉巴出土的印章，考古学家开始注意这两个遗址间的广大地区。这些遗址位于印度河流域，所以被称为印度河文明。据考证，遗址始建于5000年以前甚至更早。然而令人激动的还不仅是它的面积和年代，不久，人们就发现虽然这些遗址属于同一文明，但生活水平并不一样，参差不齐，这是什么原因呢？
对出土的印度印章进行研究的结果令人失望，没有人能释读印章上的文字。文字是一个国家文明的标志，有文字的印章可能在政治、经济活动中担任重要角色。而且印章只在马亨佐达摩和哈拉巴有出土，于是专家们推断，马亨佐达摩与哈拉巴都是都市，这就可以解释为什么处于同一文明的人生活水准不一样，当然这只是这些专家的一些主观臆断。
这些城市的统治者是什么人？考古学家按照惯例首先在马亨佐达摩寻找王宫和神殿，结果一无所获。这又提出一个问题：是什么人，用什么样的方法统治这块辽阔的国土？而且马亨佐达摩和哈拉巴有着完全相同的城市建设，难道它们都是首都？因为没有神殿，能不能用其他古文明中的例子—古印加、美索不达米亚、古埃及的国王同时兼任法老或祭司王来推测统治者呢？所有遗址中确实没有发现有祭司王统治的痕迹，难道5000多年前的印度河文明已经废弃了君主制？这么大的国土不可能没有统治者，考古学家又仔细研究第一块和以后出土的印章，但经过一个世纪的努力，印章上的字还是无法读解。那么，它是否是一种权力的象征，如果是，这两个城市为什么又没有神殿和宫殿呢？因为有一小部分印章上刻有神像，于是有人推测，这可能是宗教遗物。但也有人反驳说，这完全是家族或个人的保存品，不能说明整个国家具有宗教性质，况且出土的近3万枚印章有神像的只是很小部分。谜团越来越多。
为了进一步证实马亨佐达摩和哈拉巴的都市性质，考古学家对马亨佐达摩进行了最广泛的发掘。马亨佐达摩面积约100平方公里，分西侧的城堡和东侧的广大市街区。西侧的城堡建筑在高达10公尺的地基上，城堡内有砖砌的大谷仓和被称为“大浴池”的净身用建筑等，其中最令人惊讶的是谷仓的庞大，这似乎显示了这个城市当时的富足。不过装满大谷仓的谷物是怎样征集来的呢？市区有四通八达的街道，东西走向和南北走向的各宽10余公尺，市民的住房家家有井和庭院，房屋的建材是烧制过的砖块。如果不是亲眼所见，这是难以置信的，因为在其他古代文明中，砖块只用于王宫及神殿的建筑。
最令考古学家惊异的是完整的排水系统。其完善程度就连现今世界上数一数二的现代都市也未必能达到。二楼冲洗式厕所的水可经由墙壁中的土管排至下水道，有的人家还有经高楼倾倒垃圾的垃圾管道。从各家流出的污水在屋外蓄水槽内沉淀污物再流入有如暗渠的地下水道，地下水道纵横交错，遍布整个城市。
面对如此密集的地下水道，人们不禁瞠目结舌。住宅区各处均设有岗哨。从挖掘结果看，这是一个十分注重市民生活公共设施的城市，这是一个什么社会形态的社会呢？为什么它没有宫殿，所有的住房水准又都一样？完全不同于宫殿、神殿林立的古印加、美索不达米亚及国王、法老陵密布、贫富悬殊的埃及呢？
除了完善的公共设施之外，还有不少通向印度河乃至阿拉伯海的港埠，这是国内外广泛而积极的经济活动的表现。这所有的一切出于何人？这个设计师可以说具有现代化的头脑。另外，整个马亨佐达摩没有防御系统和攻击武器，也没有精美夺目的艺术作品，这也是已知古代文明中的惟一先例。
从马亨佐达摩出土的人骨中，我们可以发现，这里出土的人骨，都是在十分奇异的状态下死亡的。考古学家发现这些人是猝死的，在通常的古文明遗址中，除非发生过地震和火山爆发，否则不会有猝死的人。马亨佐达摩没有发生过上述两件事，人骨都是在居室内被发现的，有不少居室遗体成堆地倒着，令人惨不忍睹。
最引人注目的是，有的遗体用双手盖住脸呈现出保护自己的样子。如果不是火山爆发和地震，那是一种什么样的恐怖令这些人瞬间死去呢？这在很长时间内是一个谜，考古学家们提出了流行病、袭击、集体自杀等假说，但均被推翻了。无论是流行病还是集体自杀，都不能解释“一瞬间”的死去。而且有谁一边又在井边洗物品，在浴池里洗澡呢？为了解开这个谜团，印度考古学家卡哈对出土的人骨进行了详细的化学分析。卡哈博士的报告说：“我在9具白骨中发现均有高温加热的痕迹……不用说这当然不是火葬，也没有火灾的迹像。”是什么异常的高温使马亨佐达摩的居民猝死呢？人们想起了一些科学家推断的远古时代曾在世界不少地方发生的核战争。马亨佑达摩遗址与古代假想中的核战争有无关系呢？事实上印亚大陆是史诗神话中经常传诵的古代核战争的战场。公元前3000年的大叙事诗《马哈巴拉德》中记叙的战争景像一如广岛原子弹爆炸后之惨景，提到的武器连现代化武器也无法比拟。更重要的是如此毛骨悚然的惨痛记忆留传至今，是非1945年“广岛”事件所能相提并论的。诗中有一点值得注意：大决战的场地是被称为“兰卡”的城市，而“兰卡”正是当地人对马亨佐达摩的称呼。据当地人说：1947年印巴分治后属巴基斯坦而被禁止发掘的马亨佐达摩，有不少类似广岛核爆炸后遗留下来的“玻璃建筑”—托立尼提物质。即世界上第一颗原子弹在美国托立尼提沙漠中试爆后，沙因高温凝固成的玻璃状物质。
还有人提出，印度河文明是多种文化融合的结果，众说纷纭。但有一点可以肯定，印度河文明的特殊性和神奇性，使其过去、现在都为人类历史的发展奉献着无法取代的财富，它不仅是印度文化的源头，也是人类文明史的重要一环，揭开它的谜底是今人的重任，最终定能揭开。